1949年10月新中國成立后，成立高祖行政村隸屬高祖鄉(xiāng)，村址設在高祖集自然村；1956年更名為高祖高級社；1958年10月“正社合一”，更名為高祖生產大隊，隸屬善厚人民公社；1984年4月，撤鄉(xiāng)并設，更名高祖行政村，同年底更名為高祖村村民委員會，隸屬善厚鄉(xiāng)；2001年9月，因行政區(qū)劃調整，撤銷善厚鄉(xiāng)設立善厚鎮(zhèn)；2004年9月，由雙山、高祖兩個村民委員會合并為高祖村村民委員，隸屬善厚鎮(zhèn)；2006年4月，高祖村、港口村兩個村民委員會合并為高祖村村民委員會，隸屬善厚鎮(zhèn)。