朱仙莊前身為宿縣三鋪公社，駐三鋪村。

1982年撤銷三鋪公社，成立三鋪區(qū)，隸屬宿縣。

1984年6月，撤銷三鋪區(qū)成立朱仙莊建制鎮(zhèn)，鎮(zhèn)址遷到朱仙莊村，行政轄區(qū)不變，轄朱仙莊、鎮(zhèn)東、三鋪3個(gè)街道和二郎、后場(chǎng)、新河、二鋪4個(gè)鄉(xiāng)。

1992年2月，撤掉4鄉(xiāng)3街道，直管40個(gè)行政村。

1992年12月，宿縣、宿州市（縣級(jí)）合并成立宿州市（縣級(jí)），朱仙莊鎮(zhèn)隸屬宿州市。

1998年12月，撤地建市，撤銷縣級(jí)宿州市，設(shè)埇橋區(qū)，朱仙莊鎮(zhèn)隸屬埇橋區(qū)。