1949年2月設(shè)秦集小鄉(xiāng)，屬鳳陽(yáng)縣宮集區(qū)管轄。

1952年劃歸懷遠(yuǎn)縣馬城區(qū)。

1956年撤區(qū)并鄉(xiāng)，由仁和、仲集、鐘井、秦集4個(gè)小鄉(xiāng)合并成立秦集大鄉(xiāng)。

1958年8月劃歸蚌埠郊區(qū)管轄，改稱秦集人民公社。

1980年3月，仲集、仁和、大孔、姜顧4個(gè)村劃出單獨(dú)成立仁和公社。

1984年1月撤銷仁和公社時(shí)，仲集、仁和、大孔、姜顧4個(gè)村歸還秦集原建制。

同年，為管好用好天河水面，省政府批準(zhǔn)鳳陽(yáng)宮集鄉(xiāng)的高埂、河北和懷遠(yuǎn)縣廟前鄉(xiāng)的廣德3個(gè)村，郊區(qū)秦集鄉(xiāng)的棗林、九塘、大孔、西朱4個(gè)村，懷遠(yuǎn)縣天河沿岸9個(gè)村，共16個(gè)村成立天河鄉(xiāng)。

1992年撤區(qū)并鄉(xiāng)時(shí)，天河鄉(xiāng)并入秦集鄉(xiāng)。

2001年9月，秦集鄉(xiāng)改稱秦集鎮(zhèn)。

2003年轄25個(gè)村民委員會(huì)。

2004年2月區(qū)劃調(diào)整，劃歸禹會(huì)區(qū)管轄，仲集村劃歸蚌山區(qū)燕山鄉(xiāng)管轄。

2007年，該鎮(zhèn)馮東、馮西2村合并為馮嘴村，鎮(zhèn)轄23個(gè)村民委員會(huì)。

2020年6月，秦集鎮(zhèn)轄1個(gè)社區(qū)、29個(gè)行政村。