古屬巴國地域。

周慎靚王五年（前316），秦惠王舉兵滅了巴蜀，將原巴國改建為巴郡，并筑江州城為郡治。

當(dāng)時本區(qū)屬于巴郡江州縣轄地。

南北朝時期改江州為墊江縣，北周武成三年（516），又改為巴縣。

1929年2月15日，重慶建市，市政府在玄壇廟設(shè)南岸市政管理處。

1935年2月，增設(shè)重慶市第十五區(qū)。

1944年7月，從第十一區(qū)劃出部分轄區(qū)增設(shè)重慶市第十八區(qū)。

1950年開始民主建政。

6月，第十一、十二、十五、十八區(qū)并建為重慶市第五、第六區(qū)。

1952年10月，第五、六區(qū)合并，成立重慶市第五區(qū)，區(qū)政府駐彈子石涼水井。

1955年10月，重慶市第五區(qū)更名為重慶市南岸區(qū)。

1958年9月，全區(qū)6個鄉(xiāng)合并建立政社合一的涂山人民公社。

1961年10月，撤銷涂山人民公社，將下屬6個管理區(qū)改建為6個政社合一的人民公社。

1962年7月，全區(qū)5個城區(qū)人民公社和2個鎮(zhèn)改建7個街道，原郭家沱鄉(xiāng)轄區(qū)從鑼旗寺廠區(qū)分出，建立郭家沱人民公社。

1964年1月，恢復(fù)建立大佛段街道。

1966年“文化大革命”開始后，上新街改名大慶街、銅元局街改名紅旗街、彈子石街改名前進(jìn)街、大佛段街改名新風(fēng)街、郭家沱街改名東風(fēng)街。

1973年后，所有街道恢復(fù)原名，上新街街道改名龍門浩街道。

1983年5月，全區(qū)6個人民公社改建為6個鄉(xiāng)。

1990年，建重慶市經(jīng)濟(jì)技術(shù)開發(fā)區(qū)。

1997年，設(shè)重慶直轄市，南岸區(qū)隸屬之。

1999年12月，撤銷玄壇廟街道、涂山鎮(zhèn)，合并成立涂山鎮(zhèn)。

2001年8月，大佛段街道并入彈子石街道。

2006年7月，撤銷黃桷埡鎮(zhèn)和南山鎮(zhèn)，合并成立南山街道。

2010年7月，重慶經(jīng)開區(qū)（南部）9.6平方千米交南岸區(qū)管理，并繼續(xù)保留重慶市經(jīng)濟(jì)技術(shù)開發(fā)區(qū)牌子。