東漢建安年初（196年），以年號建立建安縣，水吉受其轄。

北宋治平三年（公元1066年）屬甌寧縣為禾供里。

1913年建安、甌寧縣合并為建甌縣，先后為水吉鎮(zhèn)、北區(qū)、九區(qū)、六區(qū)。

1938年為全省直轄的三個特種區(qū)之一。

1940年10月置水吉縣，轄三鎮(zhèn)十一鄉(xiāng)，九十二保。

1949年解放后仍設水吉縣。

1956年撤縣并入建陽縣，設水吉鎮(zhèn)和鄭墩區(qū)。

1958年9月改為水吉公社。

1966年改稱紅衛(wèi)公社。

1968年復名水吉公社。

1984年9月改水吉鎮(zhèn)至今。