琴亭村的建制沿著時代發(fā)展不斷變革，唐時隸屬于閩縣。

宋、元至明代中葉屬懷安縣。

明代下葉和清代歸屬侯官縣。

清末，屬侯官縣西園區(qū)。

民國時期，屬閩侯（林森）縣五區(qū)（新店區(qū)）。

中華人民共和國成立后，1949年12月屬福州市洪山區(qū)。

1952年底屬新店區(qū)。

1955年5月屬戰(zhàn)坂鄉(xiāng)。

1958年9月屬新店人民公社。

1960年3月重建新店區(qū)、改為勝利生產(chǎn)隊。

1969年11月區(qū)公所改為公社戰(zhàn)坂大隊勝利生產(chǎn)隊。

1970年2月屬紅衛(wèi)(鼓樓)區(qū)戰(zhàn)坂大隊勝利生產(chǎn)隊。

1975年5月屬福州郊區(qū)磐石大隊琴亭生產(chǎn)隊。

1982年8月復(fù)歸福州郊區(qū)磐石大隊琴亭生產(chǎn)隊。

1984年9月廢社建鄉(xiāng)為新店鄉(xiāng)琴亭村委會。

1992年至今屬新店鎮(zhèn)。

琴亭村委會設(shè)在東浦路村中段位置。