據(jù)史料記載，流經(jīng)鴻尾境內(nèi)的溪流中曾經(jīng)產(chǎn)黿，得名“黿溪”；人們把位于黿溪兩旁的幾個(gè)村落統(tǒng)稱“黿里”，這應(yīng)該就是當(dāng)?shù)刈钤嫉拿Q。
唐末王穆源隨王審知入閩后在此定居，后來鄉(xiāng)人將黿里更名為穆源，外鄉(xiāng)人亦稱穆源里。
宋時(shí)屬侯官縣永安鄉(xiāng)的永興、清化里和石門鄉(xiāng)的歸德里。
元、明時(shí)屬永安鄉(xiāng)的十九都、二十都、二十一都、二十二都和石門鄉(xiāng)的十八都。
清末時(shí)稱穆源區(qū)，民國時(shí)曾改為穆源鄉(xiāng)。
1952年5月設(shè)十五區(qū)駐鴻尾村。
1955年7月十五區(qū)改鴻尾區(qū)，穆源從此更名為鴻尾，一直沿用至今。
解放初屬于第十區(qū)，1952年為第十五區(qū)。
1956年春，與白沙、甘蔗、荊溪、竹岐合并為白沙區(qū)。
1958年由白沙區(qū)分出，成立鴻尾人民公社。
1984年改為鄉(xiāng)建制。