西漢元鼎二年(公元前115年),析上都增置清水縣,戎邑道,戎邑道治所就在今黃門鄉(xiāng)。
北宋太平興國四年(979年),置冶坊寨(今黃門鄉(xiāng)王店村)。
南宋建炎三年(1129年),金升冶坊寨為縣(今黃門鄉(xiāng)王店村);嘉定八年(1215年),冶坊縣隸屬鳳翔府秦州;咸淳六年(1270年),廢冶坊縣并入清水縣。
民國元年(1912年)后,屬上郵鎮(zhèn)。
1950年,屬上擲區(qū)黃門鄉(xiāng)。
1952年,設(shè)黃門區(qū)黃門鄉(xiāng)。
1958年,為黃門公社。
1983年,公社改鄉(xiāng)。
2015年11月,撤鄉(xiāng)設(shè)鎮(zhèn),鎮(zhèn)政府駐地及行政區(qū)域管轄范圍不變。