元代時(shí)期，石門鎮(zhèn)境域?qū)偾f浪縣。

明代時(shí)期，莊浪縣改莊浪衛(wèi)。

清乾隆十八年（1753年），莊浪茶馬同知管轄。

民國(guó)元年（1912年）后，由平番縣管轄，屬甘涼道。

民國(guó)三年（1914年），屬莊浪茶馬理番同知。

民國(guó)十七年（1928年），屬永登縣天祝區(qū)第七保。

1950年5月，為天祝自治區(qū)第七鄉(xiāng)。

1952年9月，為石門鄉(xiāng)，屬第二區(qū)。

1958年12月，為金強(qiáng)驛公社岔口驛大隊(duì)。

1961年12月，歸岔口驛公社。

1962年7月，為石門公社。

1968年10月，并入東方紅公社。

1970年8月，為岔口驛公社的石門、寬溝、河灣大隊(duì)。

1983年4月，撤銷公社成立石門鄉(xiāng)。

2002年8月，撤鄉(xiāng)建石門鎮(zhèn)。