西漢元狩二年（前121）置玉門(mén)、池頭、乾齊、天䧇4縣，隸酒泉郡。
元鼎六年（前111）增冥安縣，隸敦煌郡。
王莽“新”政（8）改玉門(mén)縣為鋪平亭，改乾齊縣為測(cè)虜。
東漢建立（25）后改鋪平亭為玉門(mén)縣，改測(cè)虜為乾齊縣，改池頭縣為沙頭縣，廢天䧇縣，增延壽縣。
玉門(mén)、沙頭、乾齊、延壽4縣隸酒泉郡，冥安縣隸敦煌郡。
三國(guó)屬曹魏，沿東漢制。
始于魏黃初元年（220）。
西晉建立（265）后，初沿曹魏制，元康五年（295）增晉昌郡，玉門(mén)、延壽、骍馬3縣隸酒泉郡，沙頭、乾齊、冥安、會(huì)稽、新鄉(xiāng)5縣隸晉昌郡。
東晉十六國(guó)（301-442）先后由前涼、前秦、后涼、西涼、北涼政權(quán)割據(jù)。
晉隆安4年（400）李暠增會(huì)稽郡，玉門(mén)、沙頭、乾齊、延壽、骍馬、新鄉(xiāng)6縣隸會(huì)稽郡，冥安縣隸晉昌郡。
北涼郡縣無(wú)常。
北魏建立（442）后增玉門(mén)郡，廢骍馬、沙頭、乾齊3縣，玉門(mén)、延壽2縣隸玉門(mén)郡，冥安、新鄉(xiāng)2縣隸晉昌郡。
西魏建立（534）后置會(huì)稽縣，隸常樂(lè)郡。
隋開(kāi)皇三年（615）后置常樂(lè)、玉門(mén)2縣，隸敦煌郡。
唐武德二年（619）置玉門(mén)軍，先是玉門(mén)軍、玉門(mén)縣并存，后玉門(mén)縣廢而又復(fù)，天寶十四年（755）廢玉門(mén)軍，廣德二年（764）土蕃占據(jù)，大中五年（851）玉門(mén)縣復(fù)歸唐朝，置玉門(mén)鎮(zhèn)。
唐時(shí)玉門(mén)軍（縣）隸肅州（酒泉郡）。
唐末宋初（851-1036），先屬?gòu)埵蠚w義軍，后屬曹氏歸義軍，張氏歸唐，曹氏附宋，間有甘州回鶻、沙州回鶻短暫割據(jù)。
宋為西夏地（1036～1277），隸瓜、肅2州。
元政權(quán)建立（1264）后隸瓜、肅2州。
明洪武九年（1376）后置赤斤蒙古所，后升為衛(wèi)。
明末清初（1528-1716）荒蕪。
清康熙五十七年（1716）置赤金、靖逆2衛(wèi)，隸安肅道。
乾隆三十八年改為玉門(mén)縣，隸安西州。
1912年，設(shè)玉門(mén)縣，隸安肅道，縣設(shè)治城、臨城區(qū)、柳渠區(qū)、赤金區(qū)、花海區(qū)、昌馬區(qū)。
十六年隸安肅行政區(qū)。
1929年，改設(shè)為五區(qū)，區(qū)下編村，其中：第一區(qū)（今玉門(mén)鎮(zhèn)、黃閘灣鄉(xiāng)、下西號(hào)鄉(xiāng)）轄12村。
第二區(qū)（今赤金鎮(zhèn)、清泉鄉(xiāng)）轄7村。
第三區(qū)（今柳河鄉(xiāng)）轄4村。
第四區(qū)（今昌馬鄉(xiāng)）轄7村。
第五區(qū)（今花海鄉(xiāng)）轄4村。
1936年，隸第七行政區(qū)（是年成立酒泉公署）。
1938年，在漢口設(shè)立甘肅油礦籌備處，籌備開(kāi)發(fā)玉門(mén)油礦，1941年在重慶成立甘肅油礦局。
1943年，設(shè)一鎮(zhèn)五鄉(xiāng)，晉昌鎮(zhèn)、柳河鄉(xiāng)、靖邊鄉(xiāng)、花海鄉(xiāng)、赤金鄉(xiāng)、昌馬鄉(xiāng)。
1946年撤銷甘肅油礦局，部分人員遷至上海成立中國(guó)石油公司，部分人員遷至玉門(mén)成立甘青分公司。
中華人民共和國(guó)成立以來(lái)1949年9月25日，玉門(mén)油礦解放，實(shí)行軍事管制，26日，玉門(mén)縣解放。
10月8日，玉門(mén)縣人民政府成立，治晉昌鎮(zhèn)（今玉門(mén)鎮(zhèn)），隸酒泉分區(qū)行政督察專員公署。
12月，設(shè)6區(qū)40鄉(xiāng)，即晉昌區(qū)，8鄉(xiāng)，含解放、得勝、和平三個(gè)街政府；靖邊區(qū)，10鄉(xiāng)；柳河區(qū)，7鄉(xiāng)；赤金區(qū)，6鄉(xiāng)；花海區(qū)，5鄉(xiāng)；昌馬區(qū)，4鄉(xiāng)。
共有93個(gè)行政村，240個(gè)自然村。
1950年成立玉門(mén)礦務(wù)局，取消軍事管制。
1952年12月，將赤金區(qū)劃分為赤金、惠民2區(qū)。
1953年，將靖邊區(qū)劃分為靖東、靖西2區(qū)。
1953年10月26日，玉門(mén)油礦成立相當(dāng)于丁等縣礦區(qū)人民政府。
1955年10月，成立專區(qū)級(jí)玉門(mén)市，省轄市，玉門(mén)縣的白楊河鄉(xiāng)劃歸玉門(mén)市，玉門(mén)縣改隸張掖專員公署（撤酒泉公署后酒泉屬縣改由張掖公署管轄），縣有8區(qū)45鄉(xiāng)，共126個(gè)初級(jí)農(nóng)業(yè)合作社。
11月，撤區(qū)并鄉(xiāng)，由45鄉(xiāng)合并為21鄉(xiāng)，即新民、赤峽、建設(shè)、火燒溝、大廟、屯城、東渠、城郊、下東號(hào)、西紅號(hào)、塔爾灣、南陽(yáng)鎮(zhèn)、黃花營(yíng)、官莊子、二道溝、紅旗、蘑菇灘、上窖、下窖、西河、白楊河，另設(shè)城關(guān)鎮(zhèn)（玉門(mén)鎮(zhèn)城區(qū)）。
1958年2月，新建北湖、蘑菇灘、花海三個(gè)國(guó)營(yíng)農(nóng)場(chǎng)（1963年11月組建農(nóng)建十一師），其后沿革變化頻繁，至2011年形成國(guó)有飲馬農(nóng)場(chǎng)、黃花農(nóng)場(chǎng)、農(nóng)墾官莊企業(yè)公司、農(nóng)墾建筑公司四個(gè)農(nóng)墾團(tuán)場(chǎng)。
6月，撤銷新民、建設(shè)2鄉(xiāng)，成立赤金鄉(xiāng)；紅旗鄉(xiāng)并入二道溝鄉(xiāng)。
全市共有高級(jí)農(nóng)業(yè)合作社50個(gè)。
1958年9月，成立人民公社6個(gè)，即紅旗（赤金）、紅星（含原城關(guān)鎮(zhèn)、城郊鄉(xiāng)、下東號(hào)鄉(xiāng)、西紅號(hào)鄉(xiāng)）、躍進(jìn)（含原柳河）、火箭（花海）、衛(wèi)星（靖西）、東風(fēng)（含原上窖鄉(xiāng)、下窖鄉(xiāng)、西河鄉(xiāng)）。
共有生產(chǎn)大隊(duì)50個(gè)，生產(chǎn)隊(duì)357個(gè)。
11月26日，玉門(mén)縣行政建置并入玉門(mén)市（專區(qū)級(jí)），治所在老君廟，并紅星、躍進(jìn)、衛(wèi)星為玉門(mén)鎮(zhèn)人民公社，轄4個(gè)管理區(qū)，即城郊、靖東、靖西、柳河管理區(qū)，改東風(fēng)人民公社為昌馬人民公社，改紅旗人民公社為赤金人民公社（轄清泉管理區(qū)），改火箭人民公社為花海人民公社，共有生產(chǎn)大隊(duì)44個(gè)，生產(chǎn)隊(duì)342個(gè)。
同年成立甘肅礦區(qū)。
1960年11月，成立新民鎮(zhèn)（玉門(mén)東火車站）。
1961年5月，將4個(gè)管理區(qū)撤銷，公社劃小，全市設(shè)8個(gè)人民公社，即玉門(mén)鎮(zhèn)、下西號(hào)、黃閘灣、柳河、昌馬、赤金、花海、清泉；另設(shè)1鎮(zhèn)，即玉門(mén)鎮(zhèn)。
共有生產(chǎn)大隊(duì)44個(gè)，生產(chǎn)隊(duì)352個(gè)。
12月，撤銷專區(qū)玉門(mén)市，玉門(mén)市、玉門(mén)石油管理局政企分設(shè)，玉門(mén)市改為縣級(jí)市，隸酒泉專員公署。
1962年12月，撤銷新民鎮(zhèn)，成立東站街道辦事處。
1967年4月，軍隊(duì)介入地方政權(quán)，玉門(mén)市成立軍事管制委員會(huì)，實(shí)行軍管。
1968年3月，成立玉門(mén)市革命委員會(huì)。
1978年12月，隸屬酒泉地區(qū)行政公署。
1980年12月，撤銷玉門(mén)市革命委員會(huì)，恢復(fù)玉門(mén)市人民政府。
1983年3月，撤銷人民公社，分別更名為鄉(xiāng)（鎮(zhèn)）人民政府，原大隊(duì)改為村民委員會(huì)。
是年，全市設(shè)1鎮(zhèn)8鄉(xiāng)，即玉門(mén)鎮(zhèn)、玉門(mén)鎮(zhèn)鄉(xiāng)、下西號(hào)鄉(xiāng)、黃閘灣鄉(xiāng)、柳河鄉(xiāng)、昌馬鄉(xiāng)、赤金鄉(xiāng)、花海鄉(xiāng)、清泉鄉(xiāng)，共轄村民委員會(huì)63個(gè)，生產(chǎn)大隊(duì)402個(gè)。
1985年6月，撤銷玉門(mén)鎮(zhèn)鄉(xiāng)，并入玉門(mén)鎮(zhèn)；撤銷赤金鄉(xiāng)，成立赤金鎮(zhèn)；撤銷玉門(mén)東站街道辦事處，設(shè)玉門(mén)東鎮(zhèn)。
1995年成立省疏勒河管理局（正廳級(jí)）。
1998年8月18日，成立玉門(mén)市小金灣東鄉(xiāng)族鄉(xiāng)，行政區(qū)域面積11。
0平方千米，轄5個(gè)村委會(huì)，30個(gè)村民小組。
1996年12月9日，清泉鄉(xiāng)政府駐地從火燒溝遷至躍進(jìn)。
2001年10月17日中石油批準(zhǔn)玉門(mén)油田分公司向酒泉搬遷。
2002年6月15日，花海撤鄉(xiāng)建鎮(zhèn)。
6月25日，從花海行政區(qū)域內(nèi)給小金灣東鄉(xiāng)族鄉(xiāng)調(diào)整11.5平方千米，調(diào)整后小金灣東鄉(xiāng)族鄉(xiāng)行政區(qū)域面積為22。
5平方千米。
9月，玉門(mén)市改由甘肅省直屬，酒泉市代管。
2003年4月4日，民政部批準(zhǔn)玉門(mén)市政府駐地由原址解放路遷至玉門(mén)鎮(zhèn)。
7月15日，撤銷南坪、北坪、新市區(qū)3個(gè)街道辦事處，同時(shí)設(shè)立老君廟鎮(zhèn)。
12月12日，省民政廳批復(fù)撤銷玉門(mén)市清泉鄉(xiāng)、玉門(mén)東鎮(zhèn)，并入老君廟鎮(zhèn)。
12月28日，甘肅省疏勒河流域管理局掛牌成立，原酒泉市疏勒河管理局并入。
2004年合村并組，村委會(huì)由69個(gè)合并為45個(gè)，村民小組由444個(gè)合并為226個(gè)，居委會(huì)由20個(gè)撤并為12個(gè)。
12月27日成立老市區(qū)管理委員會(huì)。
2005年，民政廳批復(fù)撤銷昌馬鄉(xiāng)，將昌馬鄉(xiāng)并入赤金鎮(zhèn)。
2005年12月，民政廳批復(fù)成立柳湖鄉(xiāng)，鄉(xiāng)政府駐岷州村，設(shè)5個(gè)行政村、21個(gè)村民小組，2006年7月18日正式掛牌。
6月，市政府批準(zhǔn)在玉門(mén)油田酒泉生活基地新設(shè)立怡靜園、兆祺園、玉蘭園、芳沁園、紫荊園、療養(yǎng)院等6個(gè)社區(qū)居民委員會(huì)。
2006年9月8日，玉門(mén)市政府在玉門(mén)鎮(zhèn)的新辦公大樓正式掛牌。
2007年4月批準(zhǔn)成立七墩灘移民工作站，由柳河鄉(xiāng)代管，設(shè)3個(gè)行政村、10個(gè)村民小組。
2007年8月，酒泉市批復(fù)設(shè)立玉門(mén)新市區(qū)街道辦事處（轄南街、北街、玉關(guān)路、蘭新路4個(gè)城市社區(qū)居委會(huì)）。
10月，市政府批準(zhǔn)在玉門(mén)油田酒泉生活基地設(shè)百合園社區(qū)居委會(huì)，全市社區(qū)居委會(huì)總數(shù)達(dá)到20個(gè)。
2008年4月，民政廳批復(fù)成立獨(dú)山子?xùn)|鄉(xiāng)族鄉(xiāng)，鄉(xiāng)政府駐金泉村，設(shè)4個(gè)行政村、28個(gè)村民小組，10月20日正式掛牌。
10月，市政府批復(fù)設(shè)承瑞園、鴻碩園、天潤(rùn)園社區(qū)居委會(huì)、花海鎮(zhèn)和政社區(qū)居委會(huì)、赤金鎮(zhèn)鐵人路社區(qū)居委會(huì)，全市社區(qū)居委會(huì)達(dá)到25個(gè)。
2009年6月，民政廳批復(fù)成立六墩鄉(xiāng)，鄉(xiāng)政府駐柳北村，設(shè)3個(gè)行政村、10個(gè)村民小組，2010年8月正式掛牌，10月28日又將飲馬農(nóng)場(chǎng)兩個(gè)疏勒河項(xiàng)目移民點(diǎn)劃入，行政村增至5個(gè)，村民小組增至16個(gè)。
6月7日恢復(fù)昌馬鄉(xiāng)建制。
8月，將玉門(mén)石油管理局生活基地的10個(gè)社區(qū)居委會(huì)移交肅州區(qū)管理。
2015年5月，省民政廳批復(fù)撤銷柳河鄉(xiāng)、黃閘灣鄉(xiāng)、下西號(hào)鄉(xiāng)，設(shè)立柳河鎮(zhèn)、黃閘灣鎮(zhèn)、下西號(hào)鎮(zhèn)。
2018年5月，省民政廳批復(fù)撤銷昌馬鄉(xiāng)、柳湖鄉(xiāng)、六墩鄉(xiāng)，設(shè)立昌馬鎮(zhèn)、柳湖鎮(zhèn)、六墩鎮(zhèn)。
現(xiàn)轄轄玉門(mén)鎮(zhèn)、赤金鎮(zhèn)、花海鎮(zhèn)、老君廟鎮(zhèn)、柳河鎮(zhèn)、黃閘灣鎮(zhèn)、下西號(hào)鎮(zhèn)、柳湖鎮(zhèn)、昌馬鎮(zhèn)、六墩鎮(zhèn)10個(gè)鎮(zhèn)，小金灣東鄉(xiāng)族鄉(xiāng)、獨(dú)山子?xùn)|鄉(xiāng)族鄉(xiāng)2個(gè)鄉(xiāng)和新市區(qū)街道辦事處，下設(shè)59個(gè)村民委員會(huì)，290個(gè)村民小組，26個(gè)社區(qū)居民委員會(huì)，名稱并沿用至今。