馬石崗村一直屬博羅縣管轄。

1949年12月，馬石崗隸屬于博羅縣九潭鄉(xiāng)，1952年7月后隸屬于第十一區(qū)鐵場區(qū)公所，1956年11月后隸屬于九潭鄉(xiāng)，1958年10月后隸屬于長寧人民公社。

1959年8月后隸屬于鐵場人民公社。

1964年后，馬石崗大隊并入佛嶺大隊，隸屬于鐵場人民公社。

1978年5月，九潭片從鐵場人民公社分出，成立九潭人民公社，馬石崗從佛嶺大隊分出，馬石崗大隊隸屬于九潭人民公社。

1983年11月后，九潭人民公社改為九潭區(qū)，馬石崗大隊改為馬石崗鄉(xiāng)。

1986年1月后，九潭撤區(qū)設鎮(zhèn)馬石崗鄉(xiāng)改為馬石崗管理區(qū)。

1999年4月后，成立馬石崗村村民委員會。

2003年12月，九潭鎮(zhèn)并入園洲鎮(zhèn)，改稱園洲鎮(zhèn)馬石崗村民委員會至今。