漢朝屬番禺縣管轄，隋朝屬南�？h轄，宋代以后屬番禺、南海分轄。

清康熙二十五年（1686），劃出南海、番禺兩縣部分區(qū)域置縣，因地處花山而定名為花縣，隸屬廣州府。

1914年，花縣屬粵海道。

1920年，由廣東省直轄。

1936年，歸省第一行政督察區(qū)。

抗戰(zhàn)爆發(fā)后，隸西江行署。

1943年，復歸第一行政督察區(qū)。

1947年，改屬省政府直屬督察區(qū)。

1949年10月，花縣解放，劃屬北江專區(qū)，同年12月隸屬珠江專區(qū)。

1952年屬粵北行政區(qū)。

1956年屬佛山專區(qū)。

1958年11月，廣州郊區(qū)部分人民公社劃歸花縣并改名“廣北縣”。

1959年3月，復名花縣。

1960年4月，劃為廣州市屬縣。

1993年6月，撤縣設市，設花都市（縣級），由廣東省直轄，廣州市代管。

2000年，撤市設區(qū)，設花都區(qū)，自命名后沿用至今。