石扇鎮(zhèn)因地理關(guān)系，區(qū)鄉(xiāng)鎮(zhèn)行政的設置都比較專一。

清康熙年間，全縣設36堡，石扇設立石扇堡，轄六約。

民國二十年（1931年），屬梅縣第二區(qū)管轄。

民國二十九年（1940年），改為石扇鄉(xiāng)，下轄17保。

1949年，中華人民共和國成立后為石扇區(qū)。

1950年3月，并入城北區(qū)，設石扇鄉(xiāng)，村建制不變。

1952年3月，石扇恢復區(qū)的設制，稱第三區(qū)公所。

1956年，撤區(qū)并鄉(xiāng)，稱石扇鄉(xiāng)人民政府。

1958年11月，成立人民公社，稱石扇公社，下設12個生產(chǎn)大隊，大隊下設生產(chǎn)小隊。

1958年冬，梅蕉合縣，并入新鋪公社，石扇設管理區(qū)，各大隊、生產(chǎn)隊未變。

1961年，分出蕉嶺縣，恢復石扇公社。

1968年4月，改稱石扇革命委員會。

1980年，撤銷石扇革命委員會，稱石扇公社。

1983年，取消人民公社建制，稱石扇區(qū)公所。

1987年5月，廢區(qū)設鎮(zhèn)，稱石扇鎮(zhèn)人民政府。