遠古為南交之地，夏屬揚州南境，商為南越，周朝為揚越境地，戰(zhàn)國時期為百粵地，秦以后為南海郡揭陽地，晉安帝九年（413）為綏安、海陽兩縣地，隋開皇十年（590）屬義安縣地，隋開皇十一年（591）屬海陽縣。

明成化二十一年（1485），置饒平縣，屬饒平縣信寧都。

明萬歷四年（1576），南澳設(shè)漳、潮副總兵，南澳副總兵受福建、廣東兩省之制，又制二省之兵。

劃深澳、隆澳屬廣東潮州府，云澳、青澳屬福建漳州府。

清順治三年（1646），南澳屬鄭成功藩地，清康熙三年（1664）屬饒平縣，清康熙二十四年（1685），南澳設(shè)總兵，深澳、隆澳屬廣東潮州府，云澳、青澳屬福建漳州府。

清雍正十年（1732），置南澳廳。

1912年改南澳廳為南澳縣，直隸廣東巡按按使。

1914年，將云澳、青澳規(guī)劃廣東省，結(jié)束兩省共管制。

1927年縣政府遷至隆澳。

1938年日本侵略軍攻占南澳，1942年日偽南澳縣政府成立，饒平縣海山島歸南澳管轄，稱第四區(qū)（后規(guī)劃饒平縣管轄）。

1945年南澳光復(fù)。

1947年，南澳屬廣東省國民黨第五區(qū)行政督察專員專署管轄。

1950年2月23日，南澳解放，同年6月1日，成立南澳縣人民政府，同年10月1日起隸屬廣東省人民政府潮汕行政督察專員公署管轄。

1952年，南澳屬粵東行政公署管轄。

同年6月，撤銷南澳縣建制，改稱為澄�？h南澳特區(qū)（因國務(wù)院沒有批準，沒有對外公布）。

1953年5月，南澳恢復(fù)縣級建制。

1956年11月16日，南澳屬汕頭專區(qū)轄區(qū)。

1959年，撤銷南澳縣級建制，其行政區(qū)域并入饒平縣，稱饒平縣南澳人民公社（1959年3月20日，國務(wù)院行文批準執(zhí)行）。

1960年9月30日國務(wù)院批準恢復(fù)南澳縣，隸屬汕頭地區(qū)。

1980年12月，屬汕頭地區(qū)行政公署管轄。

1983年12月22日，南澳縣屬汕頭市管轄，至今。