清城區(qū)所轄行政區(qū)劃為原清遠(yuǎn)縣境域之一部分。
漢元鼎六年(前111)置中宿縣,屬南?ぁ
三國吳甘露元年(265),以桂陽郡南部,立始興郡,中宿縣改屬始興郡。
南北朝,宋泰豫元年(472),始興郡改稱廣興郡,齊建元元年(479)復(fù)為始興郡,中宿縣屬之。
梁武帝期間,置清遠(yuǎn)郡,轄中宿、威正、廉平等5縣,隸屬衡州。
陳朝,清遠(yuǎn)郡屬西衡州。
隋開皇十年(590)廢清遠(yuǎn)郡,置清遠(yuǎn)縣、政賓縣,屬南海郡。
唐武德六年(623)廢政賓縣并入清遠(yuǎn)縣,屬廣州督察府轄。
五代南漢以及宋、元、明、清等朝,清遠(yuǎn)縣均屬廣州府(路)。
1936年,屬第二行政督察區(qū)。
1983年7月,改隸廣州市。
1988年1月,撤銷清遠(yuǎn)縣設(shè)立清遠(yuǎn)市,原清遠(yuǎn)縣境分置清城區(qū)、清郊區(qū)(今清新區(qū))。