秦始皇三十三年（前214），屬南�？しh。
漢武帝元鼎六年（前111），屬番禺和博羅縣。
三國黃武五年（226）屬東莞郡博羅縣。
西晉初年，分屬番禺、博羅兩縣。
東晉咸和六年（331）設(shè)東官郡，治寶安縣城（今深圳市南山區(qū)南頭古城一帶），下轄寶安、懷安、興寧、海豐、海安、欣樂6縣，是深圳設(shè)郡立縣的開始。
南朝梁天監(jiān)六年（507）改東官郡為東莞郡，仍轄寶安。
陳后主禎明二年（588）撤東莞郡復(fù)稱東官郡。
隋開皇十年（590），廢東官郡，寶安縣（今深圳市）改屬廣州總管府。
隋文帝仁壽元年（601），改廣州為番州。
隋煬帝大業(yè)三年（607），改番州為南海郡。
唐武德五年（622），設(shè)廣州總管府，寶安為其下轄5縣之一。
初唐到開元末，一度被撤并入東莞縣。
天寶元年（742）以后，恢復(fù)縣建制。
唐至德二年（757），撤寶安縣并入東莞縣，治所移到涌（今莞城）。
宋、元仍屬東莞縣，隸屬廣州路總管府。
明初，為抵御海盜、倭寇的侵?jǐn)_，建立東莞（今深圳南頭）和大鵬兩守御千戶所城。
明萬歷元年（1573），析東莞縣，置新安縣。
清康熙五年（1666）撤新安縣，復(fù)歸東莞縣。
康熙八年（1669）后，又置新安縣，屬廣州府。
清道光二十二年（1842）、咸豐十年（1860）、光緒二十四年（1898），英國先后割占或租借新安縣所轄香港島、九龍司、新界共1066平方千米的土地（于1997年7月回歸中國）。
1912年新安縣屬廣東省直轄。
1914年因與河南省新安縣同名，改稱寶安縣。
1914年至1935年，先后屬粵海道、廣東省、廣州行政委員公署，中區(qū)善后管理委員會、中區(qū)綏靖公署。
1936年至中華人民共和國成立前，先后隸屬第一、四、二行政督察專員公署。
1949年10月，成立寶安縣人民政府，屬東江專署，1950年改屬珠江專署。
1952年屬粵中行政公署。
1953年縣治從南頭移深圳鎮(zhèn)解放路。
1956年屬惠陽專區(qū)。
1959年屬佛山專區(qū)。
1963年重歸惠陽專區(qū)（1970年改為地區(qū)）。
1979年撤銷寶安縣設(shè)立深圳市，直屬省轄。
1979年4月成立羅湖區(qū)（市政府派出機(jī)關(guān)），轄福田、附城2個公社。
1980年在市域南部設(shè)深圳經(jīng)濟(jì)特區(qū)。
1982年12月21日，國務(wù)院批準(zhǔn)恢復(fù)寶安縣建置，轄原深圳經(jīng)濟(jì)特區(qū)外的原寶安縣地區(qū)，由市轄。
1983年特區(qū)內(nèi)原羅湖管理區(qū)被劃分為羅湖、上步、南頭、沙頭角4個管理區(qū)（縣級）。
1984年8月南頭管理區(qū)分出部分地域設(shè)蛇口管理區(qū)（派出機(jī)關(guān)）。
1990年1月撤蛇口管理區(qū)，轄地并入，設(shè)南山區(qū)至今。
1990年10月，上步管理區(qū)改設(shè)福田區(qū)。
1992年撤寶安縣設(shè)寶安、龍崗2個市轄區(qū)。
1997年羅湖區(qū)分設(shè)鹽田區(qū)。
2010年深圳經(jīng)濟(jì)特區(qū)的范圍擴(kuò)大到全市。
2016年9月14日，經(jīng)《國務(wù)院關(guān)于同意廣東省設(shè)立深圳市龍華區(qū)和坪山區(qū)的批復(fù)》（國函〔2016〕159號）批準(zhǔn)設(shè)立深圳市坪山區(qū)、龍華區(qū)。
2018年2月9日，經(jīng)《國務(wù)院關(guān)于同意廣東省設(shè)立深圳市光明區(qū)的批復(fù)》（國函〔2018〕25號）批準(zhǔn)設(shè)立深圳市光明區(qū)。