秦始皇三十三年（214）建南海郡；秦末漢初屬南越國(guó)；漢武帝元鼎六年(前111)置高要縣。

此后南北朝梁天監(jiān)六年(507)置高要郡；隋開皇九年(589)設(shè)端州，大業(yè)三年（607）改設(shè)信安郡；唐武德四年（621）復(fù)設(shè)端州，天寶元年（742）改端州為高要郡，至德三年（758）廢高要郡，復(fù)置端州，仍以高要為治所；元符三年（1100）升端州為興慶軍；政和三年興慶軍升為興慶府，政和八年(1118)改興慶府為肇慶府，元至元十六年(1280)肇慶改“府”為“路”，置總管府，明洪武元年(1368)復(fù)稱肇慶府；1912年，廣東廢府設(shè)綏靖處，現(xiàn)肇慶地域?qū)僬亓_綏靖處；1923年改稱綏靖公署，肇慶屬西區(qū)綏靖公署。

1925年肇慶屬地改稱西江行政區(qū)。

1932年春，改隸西北區(qū)綏靖委員會(huì)公署。

1935年設(shè)高要縣肇市鎮(zhèn)。

1940年改稱肇慶鎮(zhèn)。

1938年10月，設(shè)西江行署，1947年改稱第四專署行政督察區(qū)。

1949年10月18日，高要縣肇慶鎮(zhèn)解放，11月20日，肇慶鎮(zhèn)改為肇慶市（縣級(jí)市）。

1950年3月，西江行政督察專員公署改稱廣東省西江區(qū)行政督察專員公署，肇慶市并入高要縣改稱城關(guān)區(qū)。

同年9月，廣東省西江區(qū)行政督察專員公署改稱廣東省人民政府西江區(qū)專員公署，城關(guān)區(qū)改稱肇慶鎮(zhèn)。

1952年11月，撤銷西江專區(qū)，所屬縣并入粵中行政區(qū)。

1956年1月，撤銷粵中行政區(qū)，成立高要專區(qū)。

1958年4月，肇慶鎮(zhèn)改為肇慶市（縣級(jí)）；12月，肇慶市并入高要縣，復(fù)稱肇慶鎮(zhèn)（縣級(jí)）。

1958年12月，高要專區(qū)所轄各縣與佛山專區(qū)管轄的新會(huì)、臺(tái)山、開恩、高鶴4縣及江門市（縣級(jí)）合并，成立江門專區(qū)。

1961年10月，江門專區(qū)改稱肇慶專區(qū)；肇慶鎮(zhèn)從高要縣劃出改為縣級(jí)肇慶市；1970年10月，肇慶專區(qū)改為肇慶地區(qū)。

1988年1月7日，撤銷肇慶地區(qū)，將縣級(jí)肇慶市升為地級(jí)市。

1994年4月，原屬肇慶市的羅定市、云浮市、郁南縣、新興縣劃出，設(shè)置云浮地級(jí)市。

肇慶市轄端州、鼎湖2區(qū)和廣寧、德慶、封開、懷集4縣，代管四會(huì)、高要2市（縣級(jí)）。

2015年4月，國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)高要市撤市設(shè)區(qū)，沿用至今。