先秦時期屬百越之地，唐為欽州轄地；古稱閂寨，宋太祖開寶五年（972）改稱防城，清光緒十三年（1887）劃出欽州西部設置防城縣，隸屬廣東省，民國時期至解放初，屬廣東省轄。

1949年12月成立縣人民政府，縣治防城鎮(zhèn)。

1957年7月，經國務院批準，將防城縣分為防城縣、十萬山僮族瑤族自治縣兩個縣。

1958年12月1日，兩縣又合并為東興各族自治縣，縣治東興鎮(zhèn)。

1978年11月26日，東興各族自治縣改名為防城各族自治縣，縣治防城鎮(zhèn)。

1993年5月，國務院批準撤銷防城各族自治縣，設立地級防城港市時設立防城區(qū)，區(qū)政府駐珠河街道，沿用至今。