民國32年（1943年），石阡實行新縣制，廢除之前的的區(qū)級組織，設(shè)置鄉(xiāng)鎮(zhèn)保甲。

設(shè)立聚鳳甲級鄉(xiāng)。

1950年2月行政區(qū)劃調(diào)整，設(shè)立三個區(qū)18鄉(xiāng)鎮(zhèn)。

隸屬三區(qū)。

1950年7月，改置3區(qū)為6區(qū)1鎮(zhèn)。

隸屬五區(qū)。

1953年，設(shè)立白沙區(qū)馬屯鄉(xiāng)。

1958年，馬屯鄉(xiāng)改稱馬屯公社；馬家屯村改稱馬家屯大隊。

1984年，馬屯公社改稱馬屯鄉(xiāng)；馬家屯大隊改稱馬家屯村。

期間隸屬白沙區(qū)馬屯鄉(xiāng)（公社）1992年“撤并建”，由白沙區(qū)的寶龍鄉(xiāng)、聚鳳鄉(xiāng)、馬屯鄉(xiāng)合并，設(shè)置聚鳳仡佬族侗族鄉(xiāng)。

2003年全縣推進“撤小村并大村”工作，馬家屯村并入馬屯村。

2010年，經(jīng)石阡縣人民政府石府復(fù)[2010]70號批準(zhǔn)，全鄉(xiāng)再次對行政村進行調(diào)整，恢復(fù)馬家屯村。

1991年至今隸屬聚鳳仡佬族侗族鄉(xiāng)。