1916年，屬西區(qū)許家壩管轄。

1921年8月，屬四區(qū)管轄，1950年2月1日，思南縣人民政府成立，屬五區(qū)管轄，1953年建“秦家寨初級社”，1956年5月11日，將文家店、合朋溪兩區(qū)合并為文家店區(qū)，屬文家店區(qū)管轄。

1957年建“秦家寨高級社”，1958年，為秦家寨大隊，屬文家店公社管轄。

1963年，秦家寨大隊屬合朋溪區(qū)的合朋公社管轄。

1984年撤隊設秦家寨村屬合朋溪區(qū)的合朋溪鄉(xiāng)管轄。

1992年2月，貴州省人民政府批準思南縣進行“建鎮(zhèn)并鄉(xiāng)撤區(qū)”工作，同年10月，撤銷合朋溪鄉(xiāng)、涼橋鄉(xiāng)、場坪鄉(xiāng)，合并建立合朋溪鎮(zhèn)，轄原三個鄉(xiāng)鎮(zhèn)的共14個行政村，秦家寨村屬合朋溪鎮(zhèn)管轄。

2007年4月，縣人民政府下達《關于撤小村并大村整合的批復》，合朋溪鎮(zhèn)鎮(zhèn)將原14個村合并為6個村，院子村未發(fā)生變化。

2010年11月16日，思南縣人民政府批準調整全縣行政區(qū)劃，合朋溪鎮(zhèn)鎮(zhèn)調整設置為32個行政村，1個社區(qū)，秦家寨村屬合朋溪鎮(zhèn)管轄。