木耳村村民委員會，明萬歷二十九年（1601）后屬三江里，清光緒三十一年（1905）后屬西區(qū)，1928年屬廟塘區(qū)（四區(qū)）。

解放前隸屬教良鄉(xiāng)，1952年建木耳鄉(xiāng)，1956年與教良、茶臺合并為大公社，1963年分社，名木耳公社。

1984年隸屬廟塘區(qū)，改稱為村。

1992年7月，將原廟塘區(qū)的教良、木耳、板房3個鄉(xiāng)合并組建廟塘鎮(zhèn)，木耳村隸屬廟塘鎮(zhèn)。

2003年小村合成大村時，由原花大坪村、中崗村、陶腳壩村三個小村合并，根據(jù)原木耳管理區(qū)的名稱組成現(xiàn)木耳村。