原名“老縣城”，始稱“駱駝脖子”。

清末，清光緒三十二年(1906)，添設肇州廳，選定“駱駝脖子"修建衙署，遂為治城。

中華民國成立后，1913年為肇州縣城。

到1923年全城人口已達8900人，商鋪作坊林立，市面繁榮。

東北淪陷后，1934年夏，松花江泛濫，縣城被洪水沖毀，肇州縣署遷往“老城基"(今肇州縣城)。

洪水退后，城內住戶所剩無幾，只稱“老縣城"。

同年12月，明確劃歸郭爾羅斯后旗管轄。

1935年經偽旗公署與地方士紳商議，將“老縣城"定名為“肇源”，同年8月郭爾羅斯后旗公署由四站老爺屯移駐肇源城，后改稱肇源街。

1945年“九三”抗日戰(zhàn)爭勝利后，初設城區(qū)，1946年末設置肇源區(qū)，1949年改為第一區(qū)。

1956年4月，將郭爾羅斯后旗改為肇源縣，設置肇源鎮(zhèn)。

1958年9月，改稱肇源鎮(zhèn)人民公社。

1980年8月，改為肇源鎮(zhèn)。