春秋戰(zhàn)國(guó)時(shí)期，秦王政二十六年（前221），秦統(tǒng)一全國(guó)后，置郡設(shè)縣，樊城隸屬南陽(yáng)郡。

東漢建安十三年（208），曹操取樊，置襄陽(yáng)郡，樊城隸屬襄陽(yáng)郡。

南北朝、西魏時(shí)（535-557），置樊城縣，隸屬河南郡。

北周（558-580年）廢樊城縣，設(shè)安養(yǎng)縣。

唐天寶元年（742）改安養(yǎng)縣為臨漢縣，永貞元年（805）移臨漢于古之鄧縣治名鄧城縣，樊城為鄧城縣轄鎮(zhèn)。

宋紹興五年（1135），撤鄧城縣，并入襄陽(yáng)縣，樊城為襄陽(yáng)縣轄鎮(zhèn)。

元至元二十七年（1290）立襄陽(yáng)路，治所襄陽(yáng)，轄樊城。

明嘉靖三十九年（1560），襄陽(yáng)縣設(shè)4坊（東北坊、東南坊、西北坊、西南坊）2廂（樊城廂、黑門廂）29里（牛首、蔡林、潼口等）。

清代至民國(guó)時(shí)期樊城為襄陽(yáng)縣轄鎮(zhèn)。

清宣統(tǒng)年間，襄陽(yáng)縣劃分為8區(qū)，樊城為襄陽(yáng)縣第二區(qū)。

民國(guó)25年（1936），襄陽(yáng)縣分為6區(qū)、108聯(lián)保（鄉(xiāng)、鎮(zhèn)），于樊城設(shè)樊東鎮(zhèn)、樊南鎮(zhèn)、樊西鎮(zhèn)、樊北鎮(zhèn)，均隸屬第二區(qū)。

民國(guó)30年（1941）正式實(shí)施新縣制，襄陽(yáng)縣分設(shè)37鄉(xiāng)鎮(zhèn)，樊城分設(shè)為樊東鎮(zhèn)、樊西鎮(zhèn)。

民國(guó)31年（1942），樊東、樊西兩鎮(zhèn)合并為樊城鎮(zhèn)。

1949年1月10日，樊城、襄陽(yáng)第二次解放后（1948年7月第一次解放），中共桐柏行署三專署將襄陽(yáng)、樊城合并組建襄樊市。

1949年3月15日，桐柏區(qū)黨政機(jī)構(gòu)奉命撤銷后，襄樊市劃歸漢南工委領(lǐng)導(dǎo)。

1949年5月，湖北恢復(fù)省區(qū)建制，中共漢南工委改為中共襄陽(yáng)地方委員會(huì)，同時(shí)成立襄陽(yáng)地區(qū)行政專員公署，直轄襄樊市。

1952年改襄樊市為專署轄鎮(zhèn)。

1953年4月，襄樊市恢復(fù)建置，改為省轄（縣級(jí)），1979年升為省轄地級(jí)市。

1983年8月，襄陽(yáng)地區(qū)撤銷，其行政區(qū)域并入襄樊市后，于1984年1月，在樊城分設(shè)樊東區(qū)、樊西區(qū)、郊區(qū)。

1995年10月，國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)襄樊市關(guān)于設(shè)置樊城區(qū)的請(qǐng)示之后，襄樊市委、市政府撤銷原在樊城設(shè)置的樊東區(qū)、樊西區(qū)和郊區(qū)，籌建樊城區(qū)。

1996年7月12日，樊城區(qū)第一屆人民代表大會(huì)第一次會(huì)議選舉產(chǎn)生樊城區(qū)首屆政府領(lǐng)導(dǎo)人，樊城區(qū)正式成立。

2001年8月31日，米莊鎮(zhèn)劃歸襄陽(yáng)區(qū)管轄，原襄陽(yáng)縣的牛首鎮(zhèn)、太平店鎮(zhèn)劃歸樊城區(qū)管轄。

2010年11月26日，《國(guó)務(wù)院關(guān)于同意湖北省襄樊市更名的批復(fù)》國(guó)函〔2010〕129號(hào)，襄樊市更名襄陽(yáng)市，樊城區(qū)屬襄陽(yáng)市管轄。