清朝多沿明制，清朝光緒七年（1881）至宣統(tǒng)三年（1911），屬東鄉(xiāng)老鴉峪團(tuán)轄。
屬栗子坪聯(lián)保、黃柏溝聯(lián)保區(qū)域；民國(guó)元年民國(guó)二十年（1931）賀龍率紅三軍來(lái)到房縣，開(kāi)展土地革命，在萬(wàn)峪河建立了列家坡蘇維埃鄉(xiāng)政府，地址是現(xiàn)萬(wàn)峪河鄉(xiāng)老人坪村列家坡；民國(guó)二十一年，屬二區(qū)；民國(guó)二十三年，青玉鎮(zhèn)（青峰），雷栗鄉(xiāng)（栗子坪）；民國(guó)二十四年12月，又恢復(fù)二區(qū)設(shè)玉堤店；民國(guó)二十四年12月15日，撤銷(xiāo)區(qū)公所，并區(qū)署，青峰鎮(zhèn)（二區(qū)），下屬栗子坪聯(lián)保，轄6保；民國(guó)二十五年6月3日，廢聯(lián)保為鄉(xiāng)，區(qū)不變，屬栗子坪鄉(xiāng)；民國(guó)三十二年12月10日，撤銷(xiāo)青峰區(qū)署鄉(xiāng)不變；民國(guó)三十五年5月，屬雷栗鄉(xiāng)轄10保；1949年1月，全縣解放，屬沙河區(qū)；1950年8月，為沙河六區(qū)，轄11村；1951年7月，改村為鄉(xiāng)，鄉(xiāng)下為閭；1952年8月7日，屬沙河六區(qū)轄13鄉(xiāng)，其中長(zhǎng)青、雷坪、平原、班河、雙嶺、萬(wàn)峪屬現(xiàn)在萬(wàn)峪河鄉(xiāng)轄區(qū)；1953年，鄉(xiāng)下閭改為初級(jí)社，1955年由初級(jí)社改為高級(jí)社；1956年3月，全縣由195個(gè)鄉(xiāng)（鎮(zhèn)）合并為96個(gè)大鄉(xiāng)，屬沙河鄉(xiāng)區(qū)轄9個(gè)鄉(xiāng)，其中班河、萬(wàn)峪、長(zhǎng)青屬現(xiàn)在萬(wàn)峪河鄉(xiāng)；1958年11月11日，將原來(lái)的區(qū)、鄉(xiāng)、高級(jí)農(nóng)業(yè)合作社改為人民公社，將沙河區(qū)改為沙河公社，轄9個(gè)管理區(qū)，其中班河管理區(qū)、萬(wàn)峪管理區(qū)、長(zhǎng)青管理區(qū)；三個(gè)管理區(qū)中黎明、雙嶺、小嶺、天坪、黃柏、民主、金倉(cāng)、平原、白米、旱田、中院、黃土、山咀、紅巖、紅光、遠(yuǎn)景、碾灣、林溝、上坪、大堰、雷坪、藨湖等大隊(duì)屬現(xiàn)萬(wàn)峪河鄉(xiāng)轄區(qū)；1961年6月20日，恢復(fù)沙河區(qū)（六區(qū)），增劃雙溝、清河公社；1975年3月，撤區(qū)并社。
將原萬(wàn)峪、峪河、班河、長(zhǎng)青公社合并為萬(wàn)峪公社；1977年11月5日，撤消沙河區(qū)建制，沙河公社與萬(wàn)峪公社合并為萬(wàn)峪公社，社址萬(wàn)峪河；1981年2月18日，萬(wàn)峪公社更名沙河公社，社址八道河；1982年沙河公社移址魏家坪。
其中迎新、民主、天坪、黎明、中心、聯(lián)盟、雙嶺、平原、建設(shè)、光明、黃土、燎原、山咀、曙光、紅巖、建國(guó)、大堰、工農(nóng)、碾灣、上坪、紅光、遠(yuǎn)景、藨湖等大隊(duì)屬現(xiàn)萬(wàn)峪河鄉(xiāng)轄區(qū)；1984年6月，撤銷(xiāo)公社、大隊(duì)、生產(chǎn)隊(duì)，建立區(qū)、鄉(xiāng)、村、居民組。
恢復(fù)沙河區(qū)，其中班河、萬(wàn)峪河、老人坪三個(gè)鄉(xiāng)為現(xiàn)在的萬(wàn)峪河鄉(xiāng)；1987年，撤區(qū)并鄉(xiāng)后由（萬(wàn)峪河、班河、老人坪）三個(gè)小鄉(xiāng)合為萬(wàn)峪河鄉(xiāng)，轄下25個(gè)村和一個(gè)林場(chǎng)（旱田、中院、谷場(chǎng)、白米、大堰、老人坪、長(zhǎng)灘河、小坪、栗子坪、代家坡、山咀、黃土、紅巖、筒子溝、林溝、碾灣、雷坪、藨湖、雙嶺、天坪、大水田、建設(shè)、金倉(cāng)、班河、古竹園、采育場(chǎng)）；2001年3月19日，萬(wàn)峪河鄉(xiāng)由原25個(gè)村合并為十一個(gè)村和一個(gè)林場(chǎng)（旱田與黃土合并為旱田村，中院、山咀合并為中院村，谷場(chǎng)與紅巖合并為谷場(chǎng)村，白米與代家坡合并為白米村，大堰、藨湖村一組合并為大堰村，雷坪、藨湖村二、三組合并為雷坪村，老人坪、碾灣、林溝合并為老人坪村，長(zhǎng)灘河與筒子溝合并為長(zhǎng)灘村，小坪、雙嶺、天坪、合并為小坪村，栗子坪、古竹園合并為栗子坪村，金倉(cāng)、班河村四組合并為金倉(cāng)村，大水田、建設(shè)、班河村一、二、三組與采育場(chǎng)合并為白云觀(guān)林場(chǎng)），劃分為三個(gè)片（萬(wàn)峪河、班河、老人坪）；2005年，萬(wàn)峪河鄉(xiāng)由十一個(gè)村和一個(gè)林場(chǎng)合并為9個(gè)村，長(zhǎng)灘、老人坪、旱田、谷場(chǎng)、白米、中院不變，大堰與雷坪合并為大堰村，小坪與白云觀(guān)林場(chǎng)的建設(shè)、大水田、合并為小坪村，栗子坪、金倉(cāng)、白云觀(guān)林場(chǎng)的原班河與采育場(chǎng)合并為栗子坪村。
現(xiàn)全鄉(xiāng)轄9個(gè)村民委員會(huì)，0.87萬(wàn)人，192.2平方千米。