春秋戰(zhàn)國(guó)時(shí)期為楚國(guó)封地。

公元140年屬臨沮（高安、遠(yuǎn)安）縣管轄。

元朝屬南鄉(xiāng)。

明屬豐泉里。

清朝時(shí)，麻羊河以南屬清溪鋪、木瓜鋪村一帶屬木瓜鋪，花林寺村一帶屬后砦鋪。

1921年屬南鄉(xiāng)，1934年為第二區(qū)，轄11聯(lián)保、31保、316甲，1941年劃為清溪鄉(xiāng)、龍華鄉(xiāng)。

1948年8月6日，遠(yuǎn)安縣解放，設(shè)太平鄉(xiāng)、清溪鄉(xiāng)，屬遠(yuǎn)安縣第一區(qū)管轄。

1950年6月，花林區(qū)域內(nèi)設(shè)12個(gè)小鄉(xiāng)，1955年1月，第一區(qū)政府由城關(guān)遷址花林寺，下轄仍為12個(gè)小鄉(xiāng)，1956年3月，將石頭店以下的柳林、三橋、清溪、巒峰等地劃歸當(dāng)陽(yáng)縣。

1956年夏秋，分設(shè)花林鄉(xiāng)、高樓鄉(xiāng)，轄25個(gè)高級(jí)農(nóng)業(yè)合作社。

1958年9月公社化時(shí)為幸福公社，轄花林、高樓、太平、龍鳳四個(gè)大隊(duì)（管理區(qū)級(jí)）。

1961年5月正式成立花林區(qū)公所，轄花林、花園、舊縣、龍泉、高樓、太平、龍鳳七個(gè)管理區(qū)、52個(gè)大隊(duì)。

1975年3月，成立花林人民公社管理委員會(huì)，將鳳山、汪家、花園、季家等大隊(duì)劃歸城關(guān)鎮(zhèn)管理，將安鹿、高巖、董家、鹿苑、紅巖等大隊(duì)劃歸舊縣公社管理。

1981年更名為花林寺人民公社管理委員會(huì)。

1984年更名為花林寺區(qū)公所。

1987年撤區(qū)并鄉(xiāng)設(shè)立花林寺鎮(zhèn)。

2003年11月，鎮(zhèn)治由花林寺遷址石頭店。