芙蓉區(qū)系長沙市的中心地帶。

1934年，屬長沙市第一區(qū)。

1937年，劃分為南陽鎮(zhèn)（南陽街片）、端履鎮(zhèn)（八角亭片）。

1938年，文夕大火后，長沙市暫并入長沙縣，歸長沙縣城南鎮(zhèn)管轄。

1941年，為長沙縣城東鎮(zhèn)。

1942年，恢復長沙市，為城東區(qū)。

1949年10月，成立城東區(qū)人民區(qū)公所，為長沙市人民政府派出機構。

1951年，改城東區(qū)區(qū)公所為東區(qū)人民政府，升為縣一級政權。

1955年6月，區(qū)人民政府改成區(qū)人民委員會。

1960年5月改設為天心閣人民公社，1961年9月復名為城東區(qū)，1968年9月改設為東區(qū)，1975年，新建長沙火車站時，將郊區(qū)的東屯渡公社五一大隊和火星大隊成建制搬遷至京廣復線以東，該兩大隊所轄地域并入東區(qū)。

1995年4月，增設五里牌街道，增加5個居委會。

1996年7月，撤銷東區(qū)，設置芙蓉區(qū)。

2002年9月，湘湖管理局與辦事處合署辦公。

2011年12月底，進行區(qū)劃調整，拆分馬王堆街道、東岸街道，合并都正街、解放路、瀏正街、府后街街道。

此次調整后，芙蓉區(qū)共轄13個街道。