淮陰縣在西周時期地跨徐揚二州。

春秋后期屬吳，吳被滅后屬越。

周貞定王二十四年（前445），楚國屢侵泗水流域，淮陰歸屬時越時楚，后來終屬楚。

秦王政二十四年（前223），秦滅楚，在淮河（今廢黃河）南岸置縣隸屬東海郡，始名淮陰縣。

西漢初，析淮陰縣西南地域置富陵縣，漢高祖六年（前201），封韓信為淮陰侯，淮陰為其封邑。

武帝元狩六年（前117），至臨淮郡，淮陰、富陵屬之。

新莽時改淮陰為嘉信。

東漢永平十五年（72），分臨淮郡故地立下邳國。

三國時屬魏。

晉太康三年（282），廣陵郡治遷至淮陰。

南朝劉宋泰始三年（467），淮北被北朝占領，劉宋于淮陰僑立兗州，也稱北兗州。

隋初，設為淮陰縣。

北宋時，依舊稱淮陰縣。

南宋建炎元年（1127），劃出淮陰縣西境置吳城縣，三年后又復歸淮陰縣。

至元二十年（1283），把淮陰縣并入山陽縣。

明至清乾隆二十七年（1762），淮陰縣的體制和元時一樣。

1914年，清河縣恢復淮陰縣舊名（因與直隸省清河縣同名之故）。

1948年12月，人民解放軍解放淮陰城，城區(qū)與淮安合組為兩淮市，市府駐清江浦；農(nóng)村仍為淮陰縣，縣府駐王營鎮(zhèn)。

次年3月，撤銷兩淮市，清江浦復歸淮陰縣。

1958年8月，清江市與淮陰縣合并，成立淮陰市。

1964年10月，市縣再次分置為淮陰縣和清江市。

1972年淮陰縣政府遷至王營鎮(zhèn)。

1948—1983年淮陰縣均隸屬于淮陰專員公署。

1983年3月，江蘇省實行市管縣體制，撤銷淮陰地區(qū)專員公署，設立淮陰市，淮陰縣為其屬縣。

2001年1月12日，撤銷淮陰縣，改設為淮安市淮陰區(qū)。