巴山鎮(zhèn)現(xiàn)址為縣署所在地始于唐代廣德二年（764），當時以崇仁河為界，橋南為民城（又分為東耆、西耆），橋北為官城（又名北耆），縣署設在官城；明代中葉筑南、北兩城城垣；清代設里制，分東耆、西耆、北耆三里；民國前期沿襲清制，1931年推保甲制，設區(qū)署，巴山鎮(zhèn)為第一區(qū)；1940年撤區(qū)設鎮(zhèn)，分為橋北、橋南兩鎮(zhèn)，1944年兩鎮(zhèn)合并為巴山鎮(zhèn)；1949年前屬縣一區(qū)，仍分官城、民城；1949年7月改名城關(guān)鎮(zhèn)，1952年改城關(guān)鎮(zhèn)為城關(guān)區(qū)；1953年復為巴山鎮(zhèn)；1958年10月成立城關(guān)人民公社，轄中大、文溪、西路、橋北四個居民管理區(qū)，寶水、巴山、石莊、樂豐、橋北、永勝、和平、羅枧、寶塔、文溪、小港11個大隊；1961年改稱巴山鎮(zhèn)人民公社，1966年8月更名為紅旗鎮(zhèn)人民公社，1980年12月復名巴山鎮(zhèn)人民公社；1984年6月撤社建鄉(xiāng)，仍設巴山鎮(zhèn)；2001年10月，撤原沙堤鄉(xiāng)、郊西鄉(xiāng)并入巴山鎮(zhèn)；2010年7月，原永勝機械廠、江西第一木材廠社區(qū)并入巴山鎮(zhèn)，得名后沿用至今。