清朝乾隆八年（1744），永新、安福兩縣共劃出三十二都，地置蓮花廳，治仍設(shè)于蓮花橋，稱吉安分防府，至咸豐二年（1852）改稱吉安撫民府蓮花廳。

1912年，全省廢13府，州所一律改縣治，改設(shè)為蓮花縣，縣治設(shè)琴亭鎮(zhèn)，轄4個(gè)區(qū)18個(gè)鄉(xiāng)，1914年，全省分4道，蓮花縣屬廬陵道，1926年，廢道，縣直隸省轄。

1928年7月，蓮花縣屬蘇維埃湘贛邊特區(qū)；1930年2月，屬贛西南特區(qū)；1930年10月，屬湘東南特區(qū)。

1932年，蓮花縣屬第十行政監(jiān)察區(qū)；1935年4月24日，蓮花縣屬第三行政督察區(qū)。

1949年8月14日，隸屬吉安專區(qū)。

1949年8月，全縣劃分為6個(gè)臨時(shí)行政區(qū)，不久改為5個(gè)區(qū)。

1950年5月，共轄6個(gè)行政區(qū)；1952年6月，全縣劃分為7個(gè)區(qū)。

1956年3月，撤區(qū)并鄉(xiāng)，全縣共設(shè)20個(gè)鄉(xiāng)鎮(zhèn)。

1968年，吉安地區(qū)改稱井岡山地區(qū)，屬井岡山地區(qū)。

1959年1月政社合一，將20個(gè)鄉(xiāng)鎮(zhèn)撤并調(diào)整為9個(gè)人民公社。

1959年4月，原9個(gè)人民公社劃分為15個(gè)人民公社。

1960年6月，15個(gè)人民公社合并為5個(gè)人民公社。

1960年11月，5個(gè)人民公社劃分為15個(gè)人民公社。

1961年4月，轄6個(gè)區(qū)20個(gè)人民公社。

1961年6月，全縣劃分8個(gè)管轄區(qū)1個(gè)鎮(zhèn)，下轄47個(gè)人民公社。

1963年10月，撤區(qū)并社，全縣劃分為18個(gè)人民公社。

1968年10月，全縣劃分為10個(gè)人民公社。

1976年10月，全縣劃分為16個(gè)人民公社。

1979年井岡山地區(qū)改稱為吉安地區(qū)，蓮花縣屬吉安地區(qū)。

1984年3月，設(shè)寒山鄉(xiāng)，共轄18個(gè)鄉(xiāng)（鎮(zhèn)）。

1992年劃歸萍鄉(xiāng)市管轄。

1999年3月，共轄12個(gè)鄉(xiāng)6個(gè)鎮(zhèn)。

2001年8月，共轄9個(gè)鄉(xiāng)，6個(gè)鎮(zhèn)。

2005年3月，共轄8個(gè)鄉(xiāng)5個(gè)鎮(zhèn)，5個(gè)居民委員會(huì)，157個(gè)村民委員會(huì)。