一、清代前敦化歷史悠久，商周至西漢為肅慎氏屬地，東漢至西晉屬挹婁，南北朝屬勿吉，隋唐屬靺鞨，實為一脈相承的肅慎后裔屬地。

唐武后圣歷元年（698），靺鞨族粟末部首領(lǐng)大祚榮率眾在此筑城自固，建都稱王，號稱震國。

唐神龍三年（707），唐遣使招慰，震國隨之附唐。

唐開元元年（713）唐玄宗冊封大祚榮為左驍衛(wèi)員外大將軍、渤�？ね�、忽汗州都督，自此棄震國號改稱渤海國，亦稱忽汗州，因此地為忽汗州府，故名忽汗城，為渤海國的開國都城。

734年，渤海國都城遷至中京顯德府（今和龍市西古城），755年，又遷都上京龍泉府（今黑龍江省寧安市渤海鎮(zhèn)）。

遷都后，此地稱舊國，為中京顯德府所屬之榮（崇）州地。

唐明宗天成元年（926），契丹滅渤海國，改置東丹國（意謂東部契丹），敦化屬其管轄（后改屬遼東京道白山部所轄）。

同時為防止渤海遺民謀反，便于契丹統(tǒng)治管理，遂將大批渤海遺民強行遷徒（或逃離故地），忽汗城遂成為一片廢墟。

12世紀(jì)初，女真人興起并建立金國，此地屬上京會寧府寧江州所轄。

元代屬開元路斡多里萬戶府。

明初為海西女真扈倫族屬地，明代屬努爾干都司轄。

明永樂五年（1407），先后在境內(nèi)設(shè)額穆赫索羅、伊奇（今意氣松）、塔拉3處驛站，為吉林通往寧古塔的必經(jīng)之路。

明永樂十一年（1413），境內(nèi)設(shè)農(nóng)額勒衛(wèi)。

明正統(tǒng)年間（1436），境內(nèi)設(shè)赫什赫河衛(wèi)。

明末滿洲民族興起，此地屬窩集部赫席赫路。

清初為鄂多里城地（亦稱敖東城，系滿語轉(zhuǎn)音），屬寧古塔（今寧安）將軍轄區(qū)，后改為吉林將軍轄區(qū)。

清康熙十五年（1677）這里作為滿清皇室發(fā)祥地被清政府列為封禁之地，大部分居民外遷，僅在額穆赫索羅等3處驛站駐有少量旗戶兵丁。

清乾隆三年（1738）設(shè)額穆赫索羅佐領(lǐng)署，敦化屬其轄區(qū)。

清光緒四年（1878），吉林將軍派趙敦諴抵阿克敦設(shè)立荒務(wù)局，招民墾荒實邊，從此打破敦化地區(qū)長達(dá)200年的封禁，居民不斷增多。

清光緒六年十二月二十六日（1881年1月25日），清政府批準(zhǔn)設(shè)置敦化縣（含額穆境），治所阿克敦，隸吉林府，知縣趙敦諴受命于敖東城西北一公里處監(jiān)造城池，歷時一年建成。

清光緒八年（1882），敦化縣設(shè)敖東、沙鎮(zhèn)、懷德、城山、東關(guān)、意氣6鄉(xiāng)132屯。

清宣統(tǒng)元年（1909），設(shè)額穆縣，治所額穆。

清宣統(tǒng)二年（1910），敦化縣改隸吉林省東南路道。

同年，敦化縣東關(guān)鄉(xiāng)、意氣鄉(xiāng)劃歸額穆縣，敦化縣所轄為4鄉(xiāng)79屯。

二、民國時期民國元年（1912），敦化縣轄敖東、沙鎮(zhèn)、懷德、城山4鄉(xiāng)79屯。

民國三年（1914年），東南路道改稱延吉道，敦化仍屬之。

民國十七年（1928），敦化縣所轄敖東、沙鎮(zhèn)、懷德、城山4鄉(xiāng)改為4個警察區(qū)，敖東鄉(xiāng)為警察一區(qū)，沙鎮(zhèn)鄉(xiāng)為警察二區(qū)，懷德鄉(xiāng)為警察三區(qū)，城山鄉(xiāng)為警察四區(qū)。

民國十八年（1929）廢除道制，敦化縣改屬吉林省直轄。

三、東北淪陷時期1931年9月23日，日本侵略軍占領(lǐng)敦化，此日即為敦化淪陷日。

次年成立日偽縣公署，隸日偽吉林省公署直轄。

1933年，敦化縣改行保甲制，將4個警察區(qū)劃為5個保，第一區(qū)為縣城保，駐地縣城南門外，下轄13個甲，377個牌；第二區(qū)為大石頭保，駐地大石頭，下轄8個甲，164個牌；第三區(qū)為大荒溝保，駐地大荒溝，下轄6個甲，80個牌；第四區(qū)為南黃泥河保，駐地南黃泥河，下轄6個甲，149個牌；第五區(qū)為北黃泥河保，駐地秋梨溝，下轄9個甲，75個牌；全縣共設(shè)5保、42甲、845牌。

1934年，額穆縣公署遷到蛟河鎮(zhèn)，在額穆索（今額穆鎮(zhèn)）設(shè)嶺東（張廣才嶺）辦事處。

1939年，敦化縣改設(shè)8個保，即縣城保、大石頭保、沙河沿保、南黃泥河保、馬號保、三臺山保、橫道河子保、太平嶺保。

同年，原樺甸縣所轄，張廣才嶺以東、寒蔥嶺以南的大蒲柴河地區(qū)劃歸敦化縣。

1941年，蛟河縣（原額穆縣1939年改稱蛟河縣）所轄張廣才嶺以東的額穆索、黑石、官地、塔拉等地劃歸敦化縣管轄。

四、解放戰(zhàn)爭時期1945年8月19日，蘇聯(lián)紅軍進駐敦化，日本侵略軍投降，敦化隨之解放；11月成立敦化縣臨時政府，將全縣劃為11個區(qū)，即城關(guān)、大蒲柴河、大石頭、太平嶺、維新、南黃泥河、額穆、黑石、官地、北黃泥河、沙河沿區(qū)。

1946年1月，成立敦化縣人民政府，吉林省直轄；2月改隸吉東分�。�5月吉東分省劃為延吉、吉東（不久改為吉敦）兩個專署，敦化縣隸吉東專署。

同年4月，重新組建額穆縣，將敦化縣北部的額穆、黑石、官地、北黃泥河、沙河沿5個區(qū)劃歸額穆縣。

1947年，敦化縣設(shè)城關(guān)、大蒲柴河、大石頭、太平嶺、維新、南黃泥河6區(qū)38鄉(xiāng)，即城關(guān)區(qū)，轄13鄉(xiāng)；大蒲柴河區(qū)，轄3鄉(xiāng)；大石頭區(qū)，轄5鄉(xiāng)；太平嶺區(qū)，轄5鄉(xiāng)；維新區(qū)，轄5鄉(xiāng)；南黃泥河區(qū)，轄7鄉(xiāng)。

1948年3月，敦化縣改為吉林省直轄縣，同時撤銷額穆縣，其轄區(qū)并入敦化縣，全縣設(shè)城關(guān)、大蒲柴河、大石頭、太平嶺、維新、南黃泥河、額穆、黑石、官地、北黃泥河、沙河沿、臨江（新增設(shè)）12個區(qū)。

1946年3月至1948年3月，敦化為中共吉敦地委（始稱中共敦化中心縣委）、吉東地委所在地。

1946年6月至8月，中共吉林省委、省政府暫住敦化縣城。

五、新中國成立后1949年10月1日新中國成立時，敦化縣轄城關(guān)、大蒲柴河、大石頭、太平嶺、維新、南黃泥河、額穆、黑石、官地、北黃泥河、沙河沿、臨江12個區(qū)。

1952年，敦化縣人民政府改為民族民主聯(lián)合政府，設(shè)城關(guān)、臨江、大石頭、賢儒（原稱南黃泥河）、大蒲柴河、翰章（原稱維新）、太平嶺、黃泥河（原稱北黃泥河）、黑石、額穆、官地、沙河沿12個區(qū)，并設(shè)村級民族民主聯(lián)合政府30個，民族區(qū)域自治村12個。

1955年，敦化縣民族民主聯(lián)合政府改為敦化縣人民委員會，原12個區(qū)政府改為12個區(qū)公所。

1956年改區(qū)為鄉(xiāng)、鎮(zhèn)，全縣設(shè)3鎮(zhèn)27鄉(xiāng)，即敦化、大石頭、黃泥河3鎮(zhèn)，臨江、江東、勝利、大橋、民勝、哈爾巴嶺、賢儒、福勝、馬號、大蒲柴河、翰章、山河、太平嶺、石樁子、秋梨溝、威虎嶺、黑石、南臺子、額穆、民眾、北大秧、東明、官地、林勝、沙河沿、合作、沙河橋27鄉(xiāng)。

1958年撤銷臨江、勝利、民勝、哈爾巴嶺、山河、秋梨溝、石樁子、威虎嶺、南臺子、民眾、北大秧、林勝、合作13個鄉(xiāng)，增設(shè)大山嘴子鄉(xiāng)；東明鄉(xiāng)改為青溝子鄉(xiāng)。

同年，各鄉(xiāng)改為人民公社，全縣設(shè)3鎮(zhèn)、15個人民公社，轄90個生產(chǎn)大隊。

1958年11月10日，敦化縣由省轄縣劃歸延邊朝鮮族自治州管轄，行政區(qū)劃未變。

1962年，敦化縣增設(shè)紅石、林勝、崗子、秋梨溝、南臺子、民眾6個人民公社，全縣設(shè)3鎮(zhèn)、21個公社，轄165個生產(chǎn)大隊。

1964年增設(shè)新民、民勝2個公社。

1966年撤銷南臺子、民眾、崗子、福勝4個公社，全縣設(shè)3鎮(zhèn)、19個公社，轄216個生產(chǎn)大隊。

1966年8月，“文化大革命”運動波及敦化，1967年1月30日，行政機構(gòu)陷于癱瘓；隨后不久，駐軍3182部隊對地方實行軍管，成立了縣生產(chǎn)指揮部。

1968年成立縣革命委員會，各人民公社委員會亦改稱革命委員會。

1969年撤銷新民、民勝2個人民公社，全縣設(shè)3鎮(zhèn)、17個公社，轄232個生產(chǎn)大隊。

1980年，縣革命委員會改稱縣人民政府，人民公社革命委員會改稱管理委員會。

1983年，人民公社恢復(fù)為鄉(xiāng)建制，全縣設(shè)3鎮(zhèn)、17鄉(xiāng),轄357個村委會。

1984年，將官地、沙河沿、賢儒、大蒲柴河、秋梨溝、額穆6個鄉(xiāng)改為鎮(zhèn)，全縣設(shè)9鎮(zhèn)、11鄉(xiāng)，轄371個村委會。

1985年2月11日，國務(wù)院批準(zhǔn)敦化撤縣設(shè)市（縣級市），仍歸延邊州管轄。

同年4月，撤銷敦化鎮(zhèn)建制，分設(shè)渤海、勝利、民主、丹江4個街道和1個江南鄉(xiāng)，全市設(shè)4個街道、8個鎮(zhèn)、12個鄉(xiāng)，轄370個村委會。

1992年8月，成立敦化經(jīng)濟開發(fā)區(qū)（副縣級建制）。

1993年10月，改馬號鄉(xiāng)為江源鎮(zhèn)。

1997年4月，改大山嘴子鄉(xiāng)為大山嘴子鎮(zhèn)。

1999年8月，撤銷林勝鄉(xiāng)并入官地鎮(zhèn)；撤銷沙河橋鄉(xiāng)并入沙河沿鎮(zhèn)；撤銷江東鄉(xiāng)、太平嶺鄉(xiāng)、江南鄉(xiāng)，3鄉(xiāng)合并成立江南鎮(zhèn)；全市設(shè)4個街道、11個鎮(zhèn)、5個鄉(xiāng)，轄130個居民委員會、398個村民委員會。

2004年7月，大山嘴子鎮(zhèn)更名為雁鳴湖鎮(zhèn)。

2012年末，敦化市轄渤海、勝利、民主、丹江4個街道，大石頭、黃泥河、官地、沙河沿、秋梨溝、額穆、賢儒、大蒲柴河、雁鳴湖、江源、江南11個鎮(zhèn)，大橋、黑石、青溝子、翰章、紅石5個鄉(xiāng)，共16個鄉(xiāng)級政區(qū)。

全市有38個居民委員會，303個村民委員會，550個屯。

下設(shè)1697個居民小組，985個村民小組。