瓦房店市歷史悠久，早在四五千年前的新石器時代，境內(nèi)就有人類在這里生息繁衍。

戰(zhàn)國時期，屬燕國遼東郡。

秦朝時期，屬遼東郡。

西漢時期，置文縣，屬幽州遼東郡。

東漢時期，改為汶縣，屬魏國平州遼東郡。

兩晉、前燕、前秦、后燕時期，屬平州遼東郡。

東晉元興三年（404年），境內(nèi)設(shè)得利贏城（今得利寺鎮(zhèn)龍?zhí)渡剑�，屬遼東城。

唐總章元年（668年），屬安東都護(hù)府。

遼朝初期，為遷民縣，屬黃龍府，后置扶州，又改為復(fù)州。

遼景福元年（1031年），置復(fù)州懷德軍節(jié)度，轄永寧（后改永康）、德勝（今金州）2縣，屬東京道遼陽府。

金明昌四年（1193年），復(fù)州懷德軍節(jié)度使降為刺史，領(lǐng)永康、化成（今金州）2縣和歸勝鎮(zhèn)（今蓋州市歸州），屬東京路遼陽府。

元朝初期，廢復(fù)州，并入蓋州。

元至元二十一年（1284年），置金復(fù)州萬戶府，駐金州城，屬遼陽行省遼陽路。

明洪武五年（1372年），仍置復(fù)州。

明洪武十四年（1381年）9月，設(shè)復(fù)州衛(wèi)，領(lǐng)左、右、中、前四千戶所，衛(wèi)與州并存。

明洪武二十八年（1395年）4月，廢州存衛(wèi)，屬遼東都指揮使司。

清順治十八年（1661年），設(shè)復(fù)州巡檢司，屬遼陽府海城縣。

清康熙三年（1664年），改屬蓋平縣。

清雍正五年（1727年），分蓋平縣設(shè)復(fù)州通判，轄金、復(fù)2州之境。

清雍正十二年（1734年），升為州，屬奉天府。

民國二年（1913年），改復(fù)州為復(fù)縣。

民國十四年（1925年）12月，縣公署由復(fù)州城遷駐瓦房店。

1949年10月1日，復(fù)縣初屬遼東省。

1954年8月1日，遼西與遼東兩省合并為遼寧省，屬遼寧省。

1956年2月8日，屬遼寧省遼陽專區(qū)。

1959年1月4日，改屬遼寧省旅大市。

1966年3月16日，改屬遼寧省遼南專區(qū)。

1968年12月26日，撤遼南專區(qū)，復(fù)屬旅大市（1981年2月改稱大連市）。

1985年1月17日，經(jīng)國務(wù)院批準(zhǔn)，撤銷復(fù)縣，建瓦房店市（縣級）。

1985年4月1日，瓦房店市正式成立，為遼寧省所轄的縣級市，由大連市代管。

2010年4月，經(jīng)國務(wù)院批準(zhǔn)，大連長興島臨港工業(yè)區(qū)升級為國家級經(jīng)濟(jì)技術(shù)開發(fā)區(qū)，定名為大連長興島經(jīng)濟(jì)技術(shù)開發(fā)區(qū)（以下簡稱大連長興島經(jīng)濟(jì)區(qū)），實(shí)行現(xiàn)行國家級經(jīng)濟(jì)技術(shù)開發(fā)區(qū)的政策，代管瓦房店市長興島街道、交流島街道。

2010年4月9日，大連市啟動了新市區(qū)管理體制改革，將瓦房店市炮臺鎮(zhèn)、復(fù)州灣鎮(zhèn)（后均改設(shè)為街道）劃歸普灣新區(qū)管轄。

2013年1月，經(jīng)遼寧省人民政府同意根據(jù)《遼寧省人民政府關(guān)于調(diào)整大連市部分行政區(qū)劃的批復(fù)》（遼政發(fā)〔2012〕169號）要求將普蘭店市的元臺鎮(zhèn)、瓦窩鎮(zhèn)正式劃歸瓦房店市管轄。