鲅魚圈區(qū)建制前隸屬蓋縣（現(xiàn)蓋州市）管轄。

1974年，為適應(yīng)東北地區(qū)經(jīng)濟的發(fā)展需要，國家決定在原遼寧省蓋縣鲅魚圈鄉(xiāng)建設(shè)營口新港（鲅魚圈港）。

1983年，成立營口新港建設(shè)指揮部，開始施工建設(shè)，為促進港口發(fā)展，提供配套服務(wù)和有力保障。

1984年1月27日，經(jīng)國務(wù)院批準，原蓋縣鲅魚圈鄉(xiāng)撤鄉(xiāng)設(shè)立鲅魚圈區(qū)，隸屬營口市直接管轄。

1988年1月8日，遼寧省委、省政府決定在鲅魚圈區(qū)設(shè)立營口出口加工區(qū)，起步區(qū)0.5平方公里。

5月1日，營口出口加工區(qū)正式開工建設(shè)。

8月1日，營口出口加工區(qū)管理委員會正式成立。

1990年8月，采納了聯(lián)合國開發(fā)計劃署派營口考察專家組的建議，把營口出口加工區(qū)改名為營口新港經(jīng)濟區(qū)，繼而改稱為營口新經(jīng)濟區(qū)。

1992年4月11日，營口市委、市政府決定鲅魚圈區(qū)與營口新經(jīng)濟區(qū)合并，實行一套機構(gòu)兩塊牌子的建制，即在區(qū)政府和管委會各自職能不變的情況下，實行統(tǒng)一領(lǐng)導、統(tǒng)一規(guī)劃、統(tǒng)一決策、統(tǒng)一實施。

1992年10月21日，國務(wù)院批準設(shè)立營口經(jīng)濟技術(shù)開發(fā)區(qū)，享受國家級開發(fā)區(qū)政策，起步區(qū)面積為5.6平方公里。

1993年3月1日，營口經(jīng)濟技術(shù)開發(fā)區(qū)管委會與鲅魚圈區(qū)政府合并方案正式實施并正常運轉(zhuǎn)。

1998年12月，按照遼寧省委、省政府的要求，營口市委、市政府出臺了《關(guān)于調(diào)整理順營口經(jīng)濟技術(shù)開發(fā)區(qū)與營口市鲅魚圈區(qū)管理體制的方案》，營口經(jīng)濟技術(shù)開發(fā)區(qū)管委會由市政府授權(quán)，對區(qū)政府代行領(lǐng)導和管理;區(qū)政府主要職能是為開發(fā)區(qū)和港口建設(shè)提供服務(wù)和保障，賦予管委會作為市政府派出機關(guān)應(yīng)有的職能，管委會代表市政府對開發(fā)區(qū)的經(jīng)濟、社會發(fā)展和行政事務(wù)實施統(tǒng)一的領(lǐng)導和管理。

2004年1月8日，國務(wù)院批準調(diào)整鲅魚圈區(qū)的行政區(qū)劃，將原蓋州市的熊岳。

紅旗、蘆屯三鎮(zhèn)成建制劃入鲅魚圈區(qū)。

2015年8月14日，市委恢復組建了中共鲅魚圈區(qū)委。