在遠古時期，古人類——扎賚諾爾人就在呼倫湖一帶繁衍生息，創(chuàng)造了呼倫貝爾的原始文化。
秦二世胡亥元年（前209年），匈奴族征服東胡族，統(tǒng)一了北方草原，呼倫貝爾地區(qū)屬其三部領地之一的左賢王庭轄地。
一世紀，活動在鄂倫春旗一帶的拓跋鮮卑族“南遷大澤”（即呼倫湖），取代了匈奴的統(tǒng)治，建立了鮮卑部落聯盟。
由此入主中原，建立了北魏王朝。
這是中國歷史上第一個少數民族政權。
在鮮卑人的余部室韋部落和回紇、突厥、黠戛斯以及遼代的契�、靳咜祬犬真族相继征漳z屯持魏袈妝炊�，脮衽诸部哉婔聤y炊娜恍似稹０聳蘭�，生烩j詼疃拍珊傭兜某杉己溝南茸婷韶Ｊ椅げ殼ㄒ浦廖幽押�、克玛惥Y印⑼晾擁姆⒃吹乜咸厴角�12世紀，當成吉思汗登上政治舞臺統(tǒng)一蒙古草原時，又返回呼倫貝爾，在這里進行了幾次大的決定性戰(zhàn)役，消滅了政敵，打破了長期幾個大部落勢力均衡的局面，最后統(tǒng)一了蒙古高原。
從此，北方草原上形成了一個具有語言、地域和文化共同性、在經濟生活中有許多共同特點的民族——蒙古族。
蒙古帝國建立后，實行“領戶分封制”。
蒙古太祖九年（1214年），成吉思汗將呼倫貝爾草原的大部分地區(qū)分封給他的大弟拙赤·哈撒爾（額爾古納市黑山頭古城便是他的故都），其余部分分封給他的二弟合赤溫·額勒赤及外戚德薛禪家族，嶺東地區(qū)分封給他的幼弟帖木歌·斡赤斤。
元朝建立后，創(chuàng)立行省制。
元至元二十五年（1288年），諸王封地納入行省，嶺西地區(qū)劃入嶺北行省和林路管轄，嶺東劃入中書省泰寧路和遼陽行省山北遼東路管轄。
元亡后，成吉思汗的子孫們退守蒙古草原，先后游牧于呼倫貝爾草原的是元順帝的后裔和成吉思汗二弟拙赤合撒兒的后裔，直至歸附后金。
明成祖永樂元年至宣德八年（1403～1433年），明王朝先后設置堅河衛(wèi)（今額爾古納市和根河市）、海剌兒千戶所（今海拉爾區(qū)、鄂溫克族自治旗）、嘔罕河衛(wèi)（今倭肯河流域）、哈拉哈所（今哈拉哈河一帶）、只兒蠻衛(wèi)（海拉爾河流域）、阿倫衛(wèi)（今阿榮旗境）、阮里河衛(wèi)（今扎蘭屯市境）、哈剌孩衛(wèi)（今新巴爾虎左旗境）。
以上衛(wèi)所轄區(qū)相當今呼倫貝爾大部地區(qū)。
均隸屬奴兒干都司。
[79]清朝建立后歸黑龍江將軍節(jié)制。
由鄂溫克、達斡爾、巴爾虎蒙古、鄂倫春人組成的布特哈八旗兵、索倫八旗兵和巴爾虎八旗兵，旅蛻普劍蚴刈瘧囈�，为防御沙俄入青崿保障驿站畅通，维护眹耶安宁Z雋斯畢住Ｃ窆輳�1912年）至民國九年（1920年），嶺西地區(qū)曾實行地方自治，脫離黑龍江省。
民國九年（1920年）后，重歸黑龍江將軍節(jié)制，仍設副都統(tǒng)衙門，同時設善后督辦兼交涉員公署，并設呼倫、臚濱、室韋、奇乾縣，形成旗、縣并存和分治的局面。
嶺東地區(qū)也保留西布特哈總管公署，同時設雅魯縣，布西縣，直屬黑龍江省。
東北淪陷時期，嶺東為興安東省，嶺西為興安北省，均直轄于偽滿洲國。
民國三十四年（1945年）8月，日本投降。
10月，嶺西地區(qū)建立呼倫貝爾自治省政府，在嶺東地區(qū)建立納文慕仁省。
民國三十五年（1946年）6月，納文慕仁省改稱納文慕仁盟，受中共領導的興安省政府領導。
10月，呼倫貝爾自治省政府改稱呼倫貝爾自治政府。
民國三十六年（1947年）5月，納文慕仁盟歸屬內蒙古自治政府領導。
民國三十七年（1948年）1月1日，呼倫貝爾自治政府改稱呼倫貝爾盟，歸屬內蒙古自治區(qū)政府。
1949年4月，呼倫貝爾盟和納文慕仁盟合并，稱呼倫貝爾納文慕仁盟，簡稱呼納盟。
呼納盟的區(qū)域與2001年成立的呼倫貝爾市的區(qū)域大致重合。
1953年4月1日，成立內蒙古自治區(qū)東部行政公署，簡稱東部行署，署址設在烏蘭浩特。
同時撤銷原哲里木、興安、呼納三個盟的建制，其中原呼納盟的海拉爾、滿洲里、烏蘭浩特變?yōu)閮让晒抛灾螀^(qū)的直轄市，其工作委托東部行署代管。
1954年4月30日，撤銷東部區(qū)行政公署，將原興安盟和呼納盟所轄地區(qū)合并，改稱呼倫貝爾盟，成立呼倫貝爾盟人民政府，作為一級政權，直屬內蒙古自治區(qū)領導。
盟政府設在海拉爾市。
1957年2月21日，呼倫貝爾盟人民政府改稱呼倫貝爾盟人民委員會。
1958年6月1日，撤銷呼倫貝爾盟人民委員會，改為內蒙古自治區(qū)吶沙齷�，蓹尚政公竖嵳姡拉尔市，改称呼聤y炊誦姓稹�1958年8月20日，內蒙古黨委批復呼倫貝爾盟烏蘭浩特市并入呼倫貝爾盟科爾沁右翼前旗，對外仍稱烏蘭浩特市。
1964年7月20日改為烏蘭浩特（鎮(zhèn)級），隸屬呼倫貝爾盟科爾沁右翼前旗。
1965年8月，呼倫貝爾盟科爾沁右翼中旗劃歸哲里木盟（后撤盟改設通遼市）。
1967年12月20日，建呼倫貝爾盟革命委員會，為臨時權利機構，行使原呼盟行政公署職權。
1969年7月5日，中共中央、國務院決定，將內蒙古自治區(qū)呼倫貝爾盟劃歸黑龍江省，但呼倫貝爾盟的突泉縣、科爾沁右翼前旗劃歸吉林省白城地區(qū)管轄。
黑龍江省呼倫貝爾盟轄2市、12旗。
1970年4月，將黑龍江省呼倫貝爾盟的鄂倫春自治旗和莫力達瓦達斡爾族自治旗劃歸大興安嶺地區(qū)管轄。
1979年5月30日，中共中央、國務院決定，恢復內蒙古自治區(qū)1969年7月的原行政區(qū)劃，將時黑龍江省呼倫貝爾盟、大興安嶺地區(qū)的鄂倫春自治旗和莫力達瓦達斡爾族自治旗、吉林省白城地區(qū)的突泉縣、科爾沁右翼前旗從7月1日起正式變更為內蒙古自治區(qū)呼倫貝爾盟。
1980年7月，恢復興安盟建制：科爾沁右翼前旗分出烏蘭浩特市，呼倫貝爾盟的科爾沁右翼前旗、扎賚特旗、突泉縣、烏蘭浩特市和哲里木盟的科爾沁右翼中旗劃歸興安盟。
同年，呼倫貝爾盟革命委員會撤銷，成立呼倫貝爾盟行政公署直至2001年撤盟設市。
2001年10月10日，撤銷呼倫貝爾盟設立地級呼倫貝爾市，撤銷縣級海拉爾市設立海拉爾區(qū)。
2013年3月6日，滿洲里市扎賚諾爾礦區(qū)以呼倫貝爾市扎賚諾爾區(qū)備案，由滿洲里市代管。
2023年3月，內蒙古自治區(qū)第十一屆黨委常委會會議決定，扎賚諾爾區(qū)由呼倫貝爾市直接管理。