明朝萬歷年間，畢克齊鎮(zhèn)一帶形成村落。

清乾隆三十三年（1768年），村改鎮(zhèn)，設巡檢1員，隸歸化城廳。

民國初年，已成綏西重鎮(zhèn)。

民國二十八年（1939年），歸緩縣在畢克齊置信安鎮(zhèn)，土默特旗在畢克齊設第四自治督導處。

1950年，改名畢克齊鎮(zhèn)。

1958年，改畢克齊公社。

1962年，分出兵州亥、此老2公社。

1984年，畢克齊公社改畢克齊鄉(xiāng)。

1986年，畢克齊鄉(xiāng)改鎮(zhèn)。

2001年，撤銷青山鄉(xiāng)，西梁、老道溝、烏蘭板、蘇蓋營4村劃歸畢克齊鎮(zhèn)。

2006年，兵州亥鄉(xiāng)并入畢克齊鎮(zhèn)。