早在1萬年以前，扎賚諾爾人就在旗境內(nèi)生活。

其后，便有東胡、匈奴、鮮卑拓拔部、蒙古等北方游牧民族曾在這里繁衍生息。

成吉思汗統(tǒng)一蒙古各部時，巴爾虎部落在貝加爾湖東部“巴兒忽真河”（今俄羅斯巴爾古津河）一帶過著半獵半牧生活。

由于巴爾虎部落生活在蒙古草原北部森林中，草原上的牧民稱他們?yōu)椤盎币蛞酄枅浴�，意為“林木中百姓”�?/p>

成吉思汗招降“槐因亦爾堅”后，將巴爾虎部落分編于各個萬戶、千戶、百戶（當(dāng)時的行政單位）之中。

封豁兒赤為主管“林木中百姓”的萬戶長。

后由右翼萬戶長木華黎統(tǒng)治，再后為成吉思汗二弟哈布圖·哈薩爾封地。

元朝前期，大部分巴爾虎人仍居住在貝加爾湖、呼倫貝爾地區(qū)，時旗境歸嶺北行政管轄。

明成祖永樂元年至宣德八年（1403～1433年），明朝設(shè)置哈剌孩衛(wèi)（今新巴爾虎左旗境），隸屬奴兒干都司。

[20]17世紀(jì)上半葉，沙俄侵入巴爾虎部落的故鄉(xiāng)貝加爾湖一帶。

這時，巴爾虎部落主體已成為喀爾喀蒙古屬部。

清雍正十一年（1733年），從屬于喀爾喀車臣汗部的巴爾虎，在車?yán)愫投脊艩柕膸ьI(lǐng)下，以巴爾虎各姓氏的名義向清王朝請求加入清八旗（平時與戰(zhàn)時相結(jié)合的軍事與政治組織形式）建置，獲得批準(zhǔn)。

雍正十二年（1734年），共有2984名巴爾虎兵丁及家屬移住今呼倫貝爾地區(qū)，按索倫兵制，其中2400人編為兩翼八旗。

新巴爾虎左翼四旗（鑲黃、正白、鑲白、正藍(lán)）駐牧于今哈拉哈河、烏爾遜河、呼倫湖東岸及海拉爾河下游兩岸。

新巴爾虎右翼四旗（正黃、正紅、鑲紅、鑲藍(lán)）駐牧于今貝爾湖北岸、烏爾遜河和呼倫湖西岸及克魯倫河下游兩岸。

新巴爾虎左右兩翼四旗各設(shè)總管1名，每旗設(shè)副總管1員。

為區(qū)別于移住呼倫貝爾地區(qū)的巴爾虎部落，清王朝將清雍正十年（1732年）移住來的稱為陳巴爾虎，清雍正十二年（1734年）移此地的稱為新巴爾虎，并隸屬呼倫貝爾副都統(tǒng)府，由清王朝派統(tǒng)領(lǐng)進(jìn)行統(tǒng)轄。

乾隆八年（1743年），清王朝停派統(tǒng)領(lǐng)，改由呼倫貝爾副都統(tǒng)銜總管（隸屬黑龍江將軍）1人坐鎮(zhèn)呼倫貝爾，統(tǒng)轄今呼倫貝爾地區(qū)事務(wù)，新巴爾虎左翼四旗亦歸其統(tǒng)轄。

不久，原新巴爾虎左翼四旗20個佐縮編為12個佐，鑲黃、鑲白2個旗住牧旗境北部，正白旗住牧旗境中部，正藍(lán)旗住牧旗境南部。

光緒七年（1881年），清王朝改呼倫貝爾副都統(tǒng)銜總管為副都統(tǒng)。

光緒三十四年（1908年），清王朝裁撤呼倫貝爾副都統(tǒng)，改設(shè)兵備道加參領(lǐng)銜，統(tǒng)轄各旗事務(wù)。

民國四年（1915年），新巴爾虎左翼四旗屬呼倫貝爾“特別區(qū)域”所轄。

民國九年（1920年），呼倫貝爾“特別區(qū)域”被撤銷，新巴爾虎左翼四旗隸屬呼倫貝爾副都統(tǒng)管轄。

民國十六年（1927年），新巴爾虎左翼四旗總管額爾欽巴圖，將總管衙門定居于正白旗頭佐游牧地沙賚特氏人祭祀的“十三敖包”（今阿木古郎），結(jié)束新巴爾虎左翼四旗衙門近200余年的游牧式辦公狀態(tài)。

民國二十一年（1932年）6月，日本侵略軍進(jìn)占呼倫貝爾地區(qū)后，公布《興安省官制》，廢止“索倫八旗制”，將新巴爾虎左翼四旗合并稱為新巴爾虎左翼旗（此時，“旗”的性質(zhì)已不是原有的“平時與戰(zhàn)時相結(jié)合的軍事組織”，而是實(shí)際意義上的行政區(qū)劃）。

民國二十三年（1934年），日本侵略軍隨即在原旗總管衙門的基礎(chǔ)上組建新巴爾虎左翼旗偽公署，隸屬興安北省管轄。

至此，清代“八旗制度”被全部取消，呼倫貝爾地區(qū)各“旗”均成為實(shí)際意義上的行政區(qū)劃，各偽旗公署成為具有實(shí)際權(quán)力的行政機(jī)構(gòu)。

民國三十四年（1945年）10月，抗日戰(zhàn)爭勝利后，新巴爾虎左翼旗偽公署改稱之為新巴爾虎左翼旗政府，屬呼倫貝爾地方自治政府管轄。

民國三十六年（1947年），呼倫貝爾地區(qū)牧區(qū)青年在內(nèi)蒙古自治運(yùn)動聯(lián)合會和呼倫貝爾青年團(tuán)的鼓勵下，自發(fā)地組織起來，改革各旗屬下的佐領(lǐng)（章京）制，將旗下設(shè)“佐”這一清制的最后一種軍事、政治組織形式徹底廢止，取而代之的是成立蘇木（一般由原來的2—3個佐組成）建置，并冠以地名為蘇木名稱，成立蘇木政府。

此后，“旗、蘇木”組織形式一直延續(xù)。

民國三十七年（1948年）1月，呼倫貝爾地方自治政府改稱呼倫貝爾盟，新巴爾虎左翼旗隸屬呼倫貝爾盟。

同年4月，經(jīng)內(nèi)蒙古自治政府批準(zhǔn)，建立中國共產(chǎn)黨領(lǐng)導(dǎo)的新巴爾虎左翼旗政府，隨同呼倫貝爾盟，隸屬內(nèi)蒙古自治政府，駐地阿木古郎。

民國三十八年（1949年）4月，呼倫貝爾盟和納文慕仁盟合并，稱呼倫貝爾納文慕仁盟。

1949年10月1日，中華人民共和國成立，新巴爾虎左翼四旗政府歸呼倫貝爾納文慕仁盟管轄。

1950年1月，新巴爾虎左翼旗政府改稱為新巴爾虎左翼旗人民政府，隸屬呼倫貝爾納文慕仁盟人民政府。

同時，新巴爾虎左翼旗所屬蘇木政府亦改稱蘇木人民政府。

1953年4月，撤銷呼倫貝爾納文慕仁盟、哲里木盟、興安盟建制，成立內(nèi)蒙古自治區(qū)東部行政公署，新巴爾虎左翼旗人民政府歸屬內(nèi)蒙古自治區(qū)東部區(qū)行政公署。

1954年5月，撤銷內(nèi)蒙古自治區(qū)東部區(qū)行政公署，將原呼倫貝爾納文慕仁盟、興安盟所轄地區(qū)合并，成立呼倫貝爾盟。

新巴爾虎左翼旗人民政府歸屬呼倫貝爾盟。

1955年2月，新巴爾虎左翼旗人民政府改稱為新巴爾虎左翼旗人民委員會，歸屬呼倫貝爾盟人民委員會。

1958年6月，撤銷呼倫貝爾盟人民委員會，改為內(nèi)蒙古自治區(qū)人民政府派出機(jī)構(gòu)，設(shè)呼倫貝爾盟行政公署。

新巴爾虎左翼旗人民委員會歸屬呼倫貝爾盟行政公署。

1959年11月，經(jīng)國務(wù)院批準(zhǔn)新巴爾虎左翼更名為新巴爾虎左旗。

1968年3月，“文化大革命”中，成立新巴爾虎左旗革命委員會，行使原旗人民委員會職權(quán)。

1969年8月，新巴爾虎左旗隨同呼倫貝爾盟劃歸黑龍江省管轄。

1979年7月，新巴爾虎左旗隨同呼倫貝爾盟重新劃歸內(nèi)蒙古自治區(qū)管轄。

1980年12月，新巴爾虎左旗革命委員會被撤銷，新巴爾虎左旗人民政府成立。

2001年2月，呼倫貝爾盟撤盟設(shè)市，新巴爾虎左旗人民政府隸屬呼倫貝爾市人民政府。