1988年底，惠農(nóng)縣增設(shè)馬家灣鎮(zhèn)，駐馬家灣村。

1989年1月5日，劃原廟臺(tái)鄉(xiāng)通豐村第五、七、八3個(gè)村民小組，設(shè)立惠農(nóng)縣馬家灣鎮(zhèn)馬家灣村。

2003年7月22日，全縣鄉(xiāng)鎮(zhèn)區(qū)劃調(diào)整，由原來(lái)的馬家灣鎮(zhèn)、紅果子鎮(zhèn)、下?tīng)I(yíng)子鄉(xiāng)合并組成了新的紅果子鎮(zhèn)，隨之成立惠農(nóng)縣紅果子鎮(zhèn)馬家灣村村民委員會(huì)。

2004年縣區(qū)合并改為惠農(nóng)區(qū)紅果子鎮(zhèn)馬家灣村村民委員會(huì)。

2017年，村委會(huì)辦公地點(diǎn)由消防隊(duì)旁搬遷至廟臺(tái)鄉(xiāng)政府東側(cè)原市場(chǎng)院內(nèi)。