民國(guó)時(shí)期，屬靈武四區(qū)管轄。

民國(guó)二十七年（1938年），全境設(shè)8個(gè)保，36個(gè)甲。

民國(guó)三十二年（1943年），8個(gè)保合并為4個(gè)保。

民國(guó)三十八年（1949年）9月，吳忠解放。

1950年，由靈武縣劃出歸吳忠市管轄；同時(shí)成立區(qū)人民政府，境內(nèi)4個(gè)保依次改為一、二、三、四鄉(xiāng)。

1952年，4鄉(xiāng)合并為2鄉(xiāng)，同時(shí)以傳統(tǒng)地名為據(jù)，將原一、二、三鄉(xiāng)分別易名為東塔寺鄉(xiāng)、四旗糧鄉(xiāng)和石佛寺鄉(xiāng)。

1955年，3個(gè)鄉(xiāng)先后成立了23個(gè)初級(jí)農(nóng)業(yè)合作社；同年，將原3個(gè)鄉(xiāng)合并為一個(gè)東塔寺鄉(xiāng)。

1962年5月，改為東塔人民公社。

1984年，復(fù)為東塔寺鄉(xiāng)。

2003年5月，區(qū)劃調(diào)整，原東塔寺鄉(xiāng)8個(gè)村和靈武市新華橋2個(gè)行政村合并為東塔寺鄉(xiāng)。