戰(zhàn)國時期屬秦國地。

秦統(tǒng)一后置富平縣。

西漢時置靈洲縣。

北魏時屬薄骨律鎮(zhèn)。

后改屬靈州。

北周屬回樂縣。

隋唐時屬靈州。

宋咸平五年（1002），改靈州為西平府，并為西夏國時的臨時首都，后又改稱靈州。

元代屬寧夏府路靈州。

明代屬陜西布省寧夏鎮(zhèn)下的靈州守御千戶所。

清代屬甘肅省寧夏府靈州。

清同治十一年(1872)甘肅省寧夏府寧靈廳。

1913年，改靈州為靈武縣時，今吳忠市除原金積縣所轄部分外，均屬靈武縣，隸屬寧夏道。

1929年，寧夏道建為寧夏省。

1950年2月，靈武縣析置吳忠市，旋即改置吳忠鎮(zhèn)（縣級），省直轄。

當年10月，復置省轄吳忠市。

1954年4月，寧夏省河東回族自治區(qū)成立，吳忠市歸其管轄。

1954年秋，寧夏省并入甘肅省，寧夏省河東回族自治區(qū)改為甘肅省河東回族自治區(qū)，次年又改為甘肅省吳忠回族自治州。

1958年，寧夏回族自治區(qū)成立，吳忠回族自治州撤銷，吳忠市直屬自治區(qū)管轄。

1960年10月，全市劃分為吳忠、紅旗、東風3個人民公社。

1963年，改置為吳忠縣。

1972年，銀南地區(qū)成立，吳忠縣歸屬其管轄。

1983年，撤銷吳忠縣，恢復吳忠市（縣級）。

1984年3月，所有公社改為鄉(xiāng)。

1998年5月11日，設立地級吳忠市，吳忠市新設利通區(qū)。