玉樹古為西羌牦牛種地；魏晉南北朝時(shí)屬蘇毗王國(guó)。

隋稱“女國(guó)”，隋朝前后為蘇毗和多彌二國(guó)轄區(qū)，唐時(shí)為吐番的孫波如，宋時(shí)為黎州屬下的囊謙小邦之地，元朝歸吐蕃等路宣慰司管轄。

明屬朵甘思宣慰司，；明末清初玉樹各部頭人為青海蒙古和碩特部贈(zèng)爵為諸臺(tái)吉；清朝受青海辦事大臣直接管轄，為囊謙千戶領(lǐng)地，下有百戶獨(dú)立長(zhǎng)等部落。

民國(guó)初，隸青海辦事長(zhǎng)官，旋隸蒙番宣尉使和甘邊寧海鎮(zhèn)守使。

1917年設(shè)玉樹事，1929年改為玉樹縣，轄今自治州全境。

設(shè)置玉樹、囊謙、稱多3縣，統(tǒng)由玉樹行政督督察專員公署管轄，縣之下千百戶制度因襲如故。

1951年12月21日至16日玉樹地區(qū)第一屆第一次各族各界人民代表會(huì)議在結(jié)古召開。

會(huì)議通過了建立相當(dāng)于專區(qū)一級(jí)的“玉樹藏族自治區(qū)”的決議。

1955年6月23日至29日，玉樹藏族自治區(qū)人大一屆二次會(huì)議召開。

會(huì)議依照《中華人民共和國(guó)憲法》和青海省人大常委會(huì)《關(guān)于改變本省專區(qū)級(jí)，縣級(jí)民族自治區(qū)名稱和組織機(jī)構(gòu)的決議》的規(guī)定，將玉樹藏族自治區(qū)更名為“玉樹藏族自治州”。