春秋、戰(zhàn)國時為冠氏邑（治所在今東古城鎮(zhèn)東古城）、黃邑（治所在今梁堂鄉(xiāng)黃城），先后屬晉國、魏國、趙國。

秦代東部屬東郡，西部屬邯鄲郡。

西漢、東漢屬冀州魏郡。

三國屬魏國冀州陽平郡；西晉屬司州陽平郡。

十六國先后屬后趙、前燕、前秦、北魏的司州和中州陽平郡、冀州貴鄉(xiāng)郡、晉州和相州的陽平郡；南北朝時先后屬北魏相州陽平郡、東魏司州陽平郡、北周毛州陽平郡；隋代初屬毛州。

此前均為館陶縣地域。

隋開皇六年（586）始設(shè)冠氏縣。

隋大業(yè)二年（606），毛州廢，冠氏縣改屬武陽郡。

唐代，唐武德五年（622）復(fù)置毛州，遂再屬毛州，貞觀元年（627）統(tǒng)一設(shè)道，屬河北道魏州魏郡。

五代時先后屬后梁和后唐的魏州、后晉的廣晉府、后漢和后周的大名府。

北宋時改道為路，屬河北東路大名府。

金代，屬大名府路大名府。

元初屬東平路。

至元六年（1269），冠氏縣升為冠州，直隸中書省。

明代，明洪武三年（1370），降州為縣，改稱冠縣，此為冠縣定名之始，屬山東布政使司東兗道東昌府。

清代，冠縣屬山東省濟(jì)東泰武臨道東昌府。

1928年道廢，直屬山東省。

1937年屬山東省第六行政督察區(qū)。

1940年5月，建立冠縣抗日民主政府，先后屬魯西第三專區(qū)、冀魯豫第三專區(qū)、晉冀魯豫邊區(qū)第十八專區(qū)、冀南行政區(qū)第七專區(qū)、冀魯豫行政區(qū)第七專區(qū)。

1945年8月，冠縣與永智縣合并稱永智縣。

同年12月，恢復(fù)冠縣建制，1949年8月，屬平原省聊城專區(qū)。

1952年12月，撤銷平原省，冠縣改屬山東省聊城專區(qū)。

1967年屬聊城專區(qū)。

1997年8月屬地區(qū)級聊城市。