北宋時期設(shè)鎮(zhèn)治,石門鎮(zhèn)轄區(qū)原歸郯城縣。
1940年初,西部一度屬臨沭縣。
1942年,劃歸郯城縣。
東部屬江蘇省海陵縣(后改為東海縣)。
1953年9月,將東?h第八區(qū)、第九區(qū)和郯城縣第九區(qū)各一部劃入,建立臨沭縣第十一區(qū),設(shè)址石門。
1956年10月,劃歸郯城縣,時稱石門區(qū)。
1961年,復(fù)歸臨沭縣,稱石門公社。
1962年4月,改為石門區(qū)。
1969年3月,改為石門公社。
1970年11月,改為石門區(qū)。
1971年1月,改為石門人民公社。
1984年12月,撤公社,設(shè)石門鎮(zhèn)和前莊鄉(xiāng)。
1995年8月,撤前莊鄉(xiāng),設(shè)前莊鎮(zhèn)。
2001年7月,石門鎮(zhèn)和前莊鎮(zhèn)合并為石門鎮(zhèn)。