1929年屬莒縣第八區(qū)和第一區(qū)；1938年8月，中共莒縣縣委在小店岳家溝村建立，仍屬第八區(qū)。

1945年屬青山區(qū)和垛莊區(qū)。

1947年，青山、垛莊兩區(qū)合并為第四區(qū)。

1958年3月，北部為石井鄉(xiāng)，南部為小店鄉(xiāng)；9月,成立先鋒公社。

1959年2月，改稱小店公社。

1963年2月，將李官莊、山頭淵、崮西等13個村劃入，改稱小店區(qū)。

1971年，稱小店公社。

1984年，改稱小店鄉(xiāng)。

1993年4月，小店、金墩同時撤鄉(xiāng)，合并為小店鎮(zhèn)。