本縣行政區(qū)劃屢經變更。

崇明五代初設鎮(zhèn)，宋時建場，元時建州，明代設縣，以后建置基本未變。

明正德年間（1506-1521年）設城廓周圍鄉(xiāng)村和東仁、西義、道安等鄉(xiāng)，下轄東南、東北、西南、西北、西沙南區(qū)和西沙北區(qū)6個區(qū)、110里。

清康熙年間（1662-1722年）仍設4鄉(xiāng)，下轄6區(qū)、110里。

雍正年間（1723-1735年）縣以下設4鄉(xiāng)，轄28區(qū)，其中東仁鄉(xiāng)轄響沙上區(qū)、響沙中區(qū)、吳家沙區(qū)、仙景沙區(qū)、南沙下區(qū)、箔沙上區(qū)、箔沙中區(qū)、箔沙下區(qū)、聯福沙區(qū)、高頭沙區(qū)等10區(qū)；西義鄉(xiāng)轄小團沙區(qū)、孫家沙區(qū)、新鎮(zhèn)沙上區(qū)、東阜沙區(qū)、平洋沙區(qū)、半洋沙區(qū)、永興沙區(qū)等8區(qū)；道安鄉(xiāng)轄長沙上區(qū)、長沙下區(qū)、南沙中區(qū)等3區(qū)；德寧鄉(xiāng)轄響沙下區(qū)、袁家沙區(qū)、東三沙區(qū)、永寧沙西區(qū)、永寧沙東區(qū)、仙景沙中區(qū)、仙景沙下區(qū)等7區(qū)，后在城區(qū)又增設長沙中區(qū)。

1912至1928年設城市、堡市和25個鄉(xiāng)。

1928年3月1日外沙10個鄉(xiāng)劃出另設啟東縣。

1929年8月設7個區(qū)，下轄21個鎮(zhèn)、119個鄉(xiāng)，其中一區(qū)（中央區(qū)）轄2個鎮(zhèn)、20個鄉(xiāng)，二區(qū)（豐安區(qū)）轄4個鎮(zhèn)、17個鄉(xiāng)，三區(qū)（新庶區(qū)）轄1個鎮(zhèn)、16個鄉(xiāng)，四區(qū)（東堡區(qū)）轄5個鎮(zhèn)、15個鄉(xiāng)，五區(qū)（東樂區(qū)）轄1個鎮(zhèn)、18個鄉(xiāng)，六區(qū)（西安區(qū)）轄5個鎮(zhèn)、20個鄉(xiāng)，七區(qū)（西平區(qū)）轄3個鎮(zhèn)、24個鄉(xiāng)。

1934年7月設5個區(qū)，下轄10個鎮(zhèn)、86個鄉(xiāng)，其中一區(qū)轄2個鎮(zhèn)、24個鄉(xiāng)，二區(qū)轄2個鎮(zhèn)、18個鄉(xiāng)，三區(qū)轄2個鎮(zhèn)、19個鄉(xiāng)，四區(qū)轄2個鎮(zhèn)、19個鄉(xiāng)，五區(qū)（即嵊泗列島）轄2個鎮(zhèn)、8個鄉(xiāng)。

1938年4月本島淪陷，全縣劃為4個分區(qū)（原五區(qū)不歸本縣管轄），下轄3個鎮(zhèn)、68個鄉(xiāng)，其中第一分區(qū)轄2個鎮(zhèn)、21個鄉(xiāng)，第二分區(qū)轄19個鄉(xiāng)，第三分區(qū)轄1個鎮(zhèn)、13個鄉(xiāng)，第四分區(qū)轄15個鄉(xiāng)。

1945年9月設5個區(qū)和2個鎮(zhèn)區(qū)，下轄4個鎮(zhèn)、89個鄉(xiāng)。

其中一區(qū)轄1個鎮(zhèn)、24個鄉(xiāng)，二區(qū)轄1個鎮(zhèn)、17個鄉(xiāng)，三區(qū)轄19個鄉(xiāng)，四區(qū)轄21個鄉(xiāng)，五區(qū)（嵊泗復歸本縣管轄）轄2個鎮(zhèn)、8個鄉(xiāng)。

1946年7月仍設5個區(qū)和2個鎮(zhèn)區(qū)，下轄4個鎮(zhèn)、47個鄉(xiāng)，其中一區(qū)轄11個鄉(xiāng)，二區(qū)轄1個鎮(zhèn)、7個鄉(xiāng)，三區(qū)轄8個鄉(xiāng)，四區(qū)轄1個鎮(zhèn)、13個鄉(xiāng)，五區(qū)不變。

1946年12月第五區(qū)（嵊泗）劃出，改為省轄特別區(qū)。

1947年5月設4個區(qū)、2個縣屬鎮(zhèn)，下轄1個區(qū)屬鎮(zhèn)、20個鄉(xiāng)。

其中一區(qū)轄5個鄉(xiāng)，二區(qū)轄5個鄉(xiāng)，三區(qū)轄1個鎮(zhèn)、4個鄉(xiāng)，四區(qū)轄6個鄉(xiāng)。

1949年6月設4個區(qū)、2個鎮(zhèn)，下轄21個鄉(xiāng)。

其中一區(qū)轄5個鄉(xiāng)，二區(qū)轄5個鄉(xiāng)、三區(qū)轄5個鄉(xiāng)，四區(qū)轄6個鄉(xiāng)。

1949年12月14日原屬本縣第五區(qū)的嵊泗列島劃歸江蘇省轄特別區(qū)。

1950年4月設8個區(qū)、2個縣屬鎮(zhèn)，下轄3個鎮(zhèn)、67個鄉(xiāng)。

其中三星區(qū)轄6個鄉(xiāng)，廟鎮(zhèn)區(qū)轄1個鎮(zhèn)、6個鄉(xiāng)，城橋區(qū)轄10個鄉(xiāng)，長興區(qū)轄8個鄉(xiāng)，新河區(qū)轄1個鎮(zhèn)、12個鄉(xiāng)，堡鎮(zhèn)區(qū)轄6個鄉(xiāng)，向化區(qū)轄10個鄉(xiāng)，陳鎮(zhèn)區(qū)轄1個鎮(zhèn)、9個鄉(xiāng)。

1952年7月設11個區(qū)，下轄3個鎮(zhèn)、107個鄉(xiāng)，其中三星區(qū)轄10個鄉(xiāng)，廟鎮(zhèn)區(qū)轄1個鎮(zhèn)、12個鄉(xiāng)，城北區(qū)轄16個鄉(xiāng)，長興區(qū)轄13個鄉(xiāng)，新河區(qū)轄1個鎮(zhèn)、10個鄉(xiāng)，豎河區(qū)轄9個鄉(xiāng)，堡北區(qū)轄10個鄉(xiāng)，向化區(qū)轄13個鄉(xiāng)，陳鎮(zhèn)區(qū)轄1個鎮(zhèn)、14個鄉(xiāng)。

1956年2月設4個區(qū)和2個縣屬鎮(zhèn)，下轄3個鎮(zhèn)、46個鄉(xiāng)。

其中廟鎮(zhèn)區(qū)轄1個鎮(zhèn)、11個鄉(xiāng)，城北區(qū)轄11個鄉(xiāng)，新河區(qū)轄1個鎮(zhèn)、11個鄉(xiāng)，向化區(qū)轄1個鎮(zhèn)、13個鄉(xiāng)。

1957年9月撤區(qū)并鄉(xiāng)，設2個鎮(zhèn)和23個鄉(xiāng)。

1958年9月，23個鄉(xiāng)改為人民公社，區(qū)劃不變。

1958年12月設2個鎮(zhèn)、10個人民公社。

1959年5月設3個鎮(zhèn)、26個人民公社。

1959年后經過圍墾先后建立8個市屬國營農場和2個軍墾農場。

1984年3月政社分設，人民公社改為鄉(xiāng)，崇明島設有26個鄉(xiāng)、2個縣屬鎮(zhèn)、8個市屬國營農場和2個軍墾農場。

1994年開始撤鄉(xiāng)建鎮(zhèn)，至1997年3月底設20個鎮(zhèn)、5個鄉(xiāng)。

2000年開展鄉(xiāng)鎮(zhèn)級行政區(qū)劃調整，至年底設13個鎮(zhèn)、1個鄉(xiāng)。

2005年5月18日經上海市人民政府報請國務院批準，原屬上海市寶山區(qū)的長興、橫沙兩個鄉(xiāng)行政區(qū)域整建制劃入崇明縣，崇明縣設13個鎮(zhèn)、3個鄉(xiāng)。

2008年8個市屬國營農場行政管理屬地化，建立東平鎮(zhèn)、新海鎮(zhèn)2個鎮(zhèn)，至年底設15個鎮(zhèn)、3個鄉(xiāng)。

2009年長興鄉(xiāng)撤鄉(xiāng)建鎮(zhèn)。

2016年6月，經國務院批準，同意撤銷崇明縣，設立上海市崇明區(qū)。