萬(wàn)祥成陸于清代中葉，初為鹽場(chǎng)。

1949年5月南匯解放，南匯縣人民政府下設(shè)6個(gè)辦事處，萬(wàn)祥地屬第六鄉(xiāng)鎮(zhèn)聯(lián)合辦事區(qū)管轄。

1955年9月南匯縣撤區(qū)并鄉(xiāng)，萬(wàn)祥地區(qū)歸金陵、新港、書(shū)院3鄉(xiāng)。

1958年3月南匯縣劃歸上海市，9月實(shí)行政社合一，萬(wàn)祥地區(qū)、書(shū)院地區(qū)合并成立書(shū)院人民公社。

1959年6月萬(wàn)祥地區(qū)從書(shū)院人民公社中析出，獨(dú)立建置成立萬(wàn)祥人民公社，駐萬(wàn)祥路47號(hào)。

至1962年下轄15個(gè)生產(chǎn)大隊(duì)。

1984年4月實(shí)施政社分設(shè)，建立萬(wàn)祥鄉(xiāng)，下轄15個(gè)行政村。

1991年1月20日萬(wàn)祥集鎮(zhèn)所屬區(qū)域建立居民委員會(huì)。

1995年7月13日撤銷(xiāo)萬(wàn)祥鄉(xiāng)建制，建立萬(wàn)祥鎮(zhèn)，下轄15個(gè)行政村（150個(gè)村民組），1個(gè)居民委員會(huì)（4個(gè)居民小組）。

2001年1月撤銷(xiāo)南匯縣設(shè)立南匯區(qū)，萬(wàn)祥鎮(zhèn)屬南匯區(qū)。

2002年3月至5月調(diào)整村級(jí)區(qū)劃。

2003年被劃入臨港新城區(qū)版圖內(nèi)。

2009年4月撤銷(xiāo)南匯區(qū)，并入浦東新區(qū)，隸浦東新區(qū)。