1958年該村隸屬于新華公社；1962年組建時(shí)，北巨大隊(duì)以大隊(duì)區(qū)域內(nèi)北巨村村名而得名，隸屬長(zhǎng)留公社；1968年文革中改為長(zhǎng)留公社北巨大隊(duì)革命委員會(huì)；1984年，政社分設(shè)，北巨大隊(duì)分為北巨村村民委員會(huì)和長(zhǎng)安村村民委員會(huì)，隸屬長(zhǎng)留鄉(xiāng)；2000年，北巨村村委會(huì)與長(zhǎng)安村村委會(huì)合并，沿用北巨村村民委員會(huì)；2001年，撤鄉(xiāng)并鎮(zhèn)，長(zhǎng)留鄉(xiāng)合并到城關(guān)鎮(zhèn)，因而北巨村村民委員會(huì)隸屬于城關(guān)鎮(zhèn)；2015年，城關(guān)鎮(zhèn)撤銷，改制為城關(guān)街道，北巨村村民委員會(huì)隸屬城關(guān)街道沿用至今。