薛店鎮(zhèn)歷史上曾屬北垣。

1943年，北垣西部劃歸稷麓二區(qū)。

1947年屬五區(qū)政府。

1948年10月，北垣劃歸聞喜。

1949年10月，五區(qū)屬現(xiàn)畖底鎮(zhèn)、薛店鎮(zhèn)、陽隅鄉(xiāng)，稱為北垣四十八個(gè)村。

1949年為五區(qū)人民政府薛店行政村。

1953年，分屬五區(qū)郝北、豐樂莊鄉(xiāng)。

1954年，北垣八個(gè)鄉(xiāng)合并為畖底、薛店兩個(gè)鄉(xiāng)。

1958年，屬北垣公社。

1961年，北垣公社劃分為畖底、陽隅、薛店三個(gè)公社，為薛店公社。

1984年，根據(jù)省政府（84）晉政函79號(hào)文批準(zhǔn)設(shè)立薛店鎮(zhèn)。