明清時期屬西區(qū)九局。

民國時期屬4區(qū)。

1927年全縣分4區(qū)，馬澗屬于四區(qū)的一個主村。

1944年全縣行政區(qū)劃為6個行政區(qū)、24個治村，村下仍設(shè)閭，閭內(nèi)設(shè)鄰，馬澗成為治村屬六區(qū)。

1952年，增設(shè)第七區(qū)（張馬），含馬澗行政村。

1953年5月劃鄉(xiāng)，改行政村為鄉(xiāng)建制，全縣6個區(qū)改為7個區(qū)，轄71個行政村，劃為65個鄉(xiāng)，成為馬澗鄉(xiāng)。

1955年撤區(qū)，馬澗鄉(xiāng)直屬縣，全縣劃為62個鄉(xiāng)。

1958年11月，鄉(xiāng)寧縣與吉縣合并，稱鄉(xiāng)吉縣。

1959年1月，增設(shè)寬井人民公社，轄馬澗鄉(xiāng)，3月，馬澗鄉(xiāng)改成馬澗管理區(qū)。

1961年4月，鄉(xiāng)寧、吉縣分置，全縣共有16個人民公社，成為譚坪人民公社馬澗生產(chǎn)大隊。

1984年7月，實行政社分開，建立鄉(xiāng)（鎮(zhèn)），成為譚坪鄉(xiāng)馬澗村民委員會。

2001年3月，撤并鄉(xiāng)鎮(zhèn)，譚坪鄉(xiāng)、棗嶺鄉(xiāng)合并稱棗嶺鄉(xiāng)，成為棗嶺鄉(xiāng)馬澗村民委員會并沿用至今。

2019年12月灣里行政村并入馬澗行政村，并沿用至今。