巴州建縣已有1900多年歷史。
民國元年，巴州屬四川軍政府保寧府。
民國2年，改巴州為巴中縣，并設(shè)江口分縣署，屬川北道（治今閬中）。
民國3年，改屬嘉陵道（治今南充）。
從民國6年起，巴中為四川軍閥鄭啟和、潘文華、劉存厚、田頌堯等相互爭奪，制無常規(guī)。
至民國10年，為田頌堯所獨(dú)據(jù)，縣屬國民革命軍第二十九軍駐區(qū)事務(wù)署（駐今三臺(tái)縣）。
1933年，紅軍在通江、南江、巴中建立川陜革命根據(jù)地。
7月上旬，巴中縣城成為川陜革命根據(jù)地的首府。
1934年，川陜省委、省蘇遷駐通江和旺蒼壩（今旺蒼縣城），9月11日又遷回巴中城，直至1935年3月撤離北上。
川陜省蘇區(qū)按省、道、縣（市）的行政建制，轄2道、1市、23縣。
今縣境內(nèi)，置1市（巴中特別市）、3縣（巴中、恩陽、長勝）。
巴州鎮(zhèn)為省、道、市蘇維埃的駐地。
民國24年（1935年）春，紅軍撤離。
巴中隸屬第十五行政督察區(qū)（駐今達(dá)縣市）。
民國33年11月11日，政務(wù)院準(zhǔn)予轄區(qū)分設(shè)平昌設(shè)治局。
民國34年，以第三區(qū)治江口鎮(zhèn)為局址正式設(shè)立。
1950年元月19日，巴中縣屬西南區(qū)川北行政區(qū)達(dá)縣專區(qū)。
1952年9月，縣屬四川省達(dá)縣專區(qū)（地區(qū)），至1985年無變動(dòng)。
1993年7月27日，撤銷巴中縣，設(shè)立巴中市（縣級），以縣行政區(qū)域?yàn)槭行姓䥇^(qū)域，隸屬巴中地區(qū)行政公署。
2000年，撤地建市、撤市建區(qū)，巴州區(qū)隸屬巴中市至今。