西漢時期，屬綿虒縣。

東漢光武帝時期，綿虒縣改道。

三國時期，屬蜀國。

北周天和三年（568年），屬汶川縣，是瓦寺土司屬地，轄花紅樹、洞口、腳（覺）木三寨，置總管。

民國二十四年（1935年），編保1，與耿達(dá)2保稱臥龍聯(lián)保。

民國二十九年（1940年），改臥龍鄉(xiāng)。

民國三十一年（1942年），第三區(qū)署會由三江鎮(zhèn)遷駐此，鄉(xiāng)公所遷駐耿達(dá)橋，后分為二鄉(xiāng)，更名飛龍鄉(xiāng)，鄉(xiāng)公所駐臥龍關(guān)；后第三區(qū)署遷駐三江口，更名臥龍鄉(xiāng)。

1949年，置鄉(xiāng)。

1950年，遷駐花紅樹，屬三江區(qū)。

1958年，鄉(xiāng)改公社。

1959年，撤三江區(qū)，屬漩口區(qū)。

1962年，屬映秀區(qū)。

1980年，置臥龍鄉(xiāng)。

1983年3月，臥龍保護(hù)區(qū)內(nèi)汶川縣臥龍、耿達(dá)2公社劃為汶川縣臥龍?zhí)貏e行政區(qū)，實行林業(yè)部、四川省雙重領(lǐng)導(dǎo)體制，由四川省林業(yè)廳代管。

1984年，臥龍公社改臥龍鄉(xiāng)。

1990年，臥龍鄉(xiāng)改臥龍鎮(zhèn)。