古為梁州之地，屬僰侯國地。

漢武帝建元六年（前135），唐蒙奉命通西南夷后屬犍為、越嶲二郡地。

蜀漢建興三年（225）屬新道縣，由越嶲郡“遙領”。

西晉永安元年（304）后為僚人部落組織所據(jù)。

隋、唐、宋為馬湖部地，先屬馳騁、霸摩兩州，后屬敘州府，到北宋英宗二年（1065）改由犍為縣領轄。

元朝及明朝前期為馬湖府地，屬沐川長官司。

明朝萬歷十七年（1589）在賴因鄉(xiāng)（今民建鎮(zhèn)）筑馬湖府安邊城，設同知署守。

清雍正五年（1727）裁馬湖府并入敘州府，馬邊屬屏山縣管轄。

清乾隆二十九年（1764）馬邊從屏山縣劃出置馬邊廳，直隸敘州府。

1914年改廳為縣，改屬嘉定府。

1935年后屬四川省第五行政督查區(qū)（樂山專區(qū)）管轄。

1950年解放后屬川南行政公署樂山專區(qū)管轄。

1956年改屬四川省涼山彝族自治州管轄，由樂山專區(qū)代管。

1984年劃歸樂山專區(qū)管轄，撤銷馬邊縣設立馬邊彝族自治縣。

1985年撤銷樂山專區(qū)設立樂山市，馬邊彝族自治縣仍歸樂山市管轄至今。